蕺山之学始终是围绕着矫正晚明阳明后学之失,重建道德理性本体而展开的。在学术立场上,蕺山以阳明心学为基础,容纳吸收了程朱理学和张载的气学的某些因素,对明代中后期的心学思潮进行了一次深刻的批判总结,在理论上继承并发展了阳明心学。蕺山之学以心性的体用圆融为内圣依据,从心体与性体两方面展开,强调心体与性体的合一,以性来定义心,而不是以心来定义性,同时强调言心不可以离性,性情不可分割,存发总是一机、中和浑是一性,即情言性、以性主情;主张化人心为道心,把理和气融入到义理当中,强调义理之性即气质之本性、道心即人心之本心;主张意念之辩,对于意与念进行了严格的区分,强调道德修养工夫就在于诚意治念、化念归思,道德理性贯通于心、意、知、物当中,建立修身、正心、诚意、致知、格物为一体的心学体系,从而形成体用一原、显微无间的有机逻辑整体。在工夫论上,坚持本体与工夫的上下贯通,本体是工夫的主脑,工夫是本体的落实;本体与工夫是体用一源、显微无间的关系。慎独是刘宗周一生坚持的工夫论,以慎独诚意为证人工夫,将诚意与慎独整合为一,诚意即是慎独,言慎独必归本于诚意;主张存养与省察为一个工夫,以静存统摄动察,静存之外无动察。刘宗周被称为宋明理学的殿军,同时还是继王阳明之后宋明儒学当中能够自立系统的一位学者,刘宗周在他的一生当中虽然没有能够创立一个新的思想时代,但是他却是一位儒家学说系统的开拓者。刘宗周的本体与工夫论的最终目的,就是从深根宁极处收束心体,使性体在心体中显露出来,强调道德理性本体的澄明,以此来约束人欲泛滥,拯救人性的沦丧。