随着我国证券市场的发展，关联交易成为上市公司普遍存在的现象，非公允关联交易也同时发生，尤其是我国控股股东的存在导致了非公允关联交易的日益增多，使上市公司中产生了较强的“隧道效应”，严重损害了中小股东的利益。独立董事作为公司治理的监管机制，对关联交易进行监管便是其重要职能。从我国现实来看，独立董事监管下，上市公司利用关联交易损害中小投资者利益的问题仍然存在，无论是关联交易本身还是独立董事制度都存在不少问题，独立董事到底是否发挥了对关联交易的监管职能？其中存在怎样的不足？都是需要解决的问题，这些问题的解决对独立董事制度的完善和关联交易的规范都具有重要意义。　　 本文在分析了目前国内外研究现状的基础上，结合我国的实际情况，从理论和实证两个方面研究了独立董事对关联交易的监管情况。理论方面，从经济学角度进行了分析，主要是构建了博弈分析模型，导出了相应的边界条件。实证方面，以是否因关联交易受到证监会谴责和注册会计师的审计意见类型作为上市公司是否存在非公允关联交易的衡量，据此对深沪两市A股上市公司进行了筛选分类，对两类不同样本进行了显著性检验和相关性分析。研究结果表明，两类不同样本中，上市公司会计专业独立董事人数和独立董事出席董事会的比例存在显著差异，它们与非公允关联交易是否发生存在显著的负相关关系，证明两者作用显著，而其他方面未表现出显著关系；本文还利用Logistic回归分析构建了上市公司非公允关联交易发生概率的判别模型，引入了会计专业独立董事人数、独立董事出席董事会的比例、独立董事薪酬和第一大股东持股比例等变量，通过这些变量的取值可以判别独立董事对关联交易的监管是否有效，这在非公允关联交易的及时发现和规范方面可以发挥重要作用。