霍乱易于传播而造成暴发流行，目前已引起七次全球大流行，在我国也引起数次大的流行。传染病迅速地跨地区传播，已成为当前传染病预防控制面临的重要问题，流行病学调查需要结合病原体的实验室分析才能更好地揭示内在的联系。探索多种分子生物学分型方法，通过菌株基因指纹图谱描述菌株差异，能够准确鉴定和区分不同菌型，对于霍乱疫情的预警及控制有重要的作用。脉冲场凝胶电泳（PFGE）以及核糖体基因杂交分型（Ribotyping）等方法已应用于不同来源菌株的分子分型。为研究其它分型方法在霍乱弧菌分型中的应用价值，并且提高在实验时的分析菌株的通量以满足大量和快速分析的要求，本研究优化和建立了扩增片段长度多态性（AFLP）分析霍乱菌株的方法，并与PFGE进行了比较。 本研究中AFLP分型方法采用了红外荧光标记PCR引物、即FAFLP（Fluorescent amplified fragment length polymorphism），利用LI-COR4300自动测序仪完成电泳、Saga软件对电泳图谱进行编辑。利用已知PFGE带型不同的菌株优化引物及其它反应参数，固定操作程序。同时进行重复实验，一致性达到99.2％。 每种分型方法，都可以从不同的方面反映菌株遗传变异情况，所得的结果不尽相同。应充分发挥其优势，如AFLP的高通量是PFGE无法比拟的，而PFGE已制定标准化方案，实现了实验室之间的数据交流，这也是AFLP未来的目标。在实践中，综合不同分型方法的结果分析，能更清晰地判断菌株之间的遗传关系。