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H9N2亚型禽流感病毒在全世界范围均有分布,是危害养禽业的主要疾病之一。1994年,我国大陆首次从鸡体内分离出H9N2亚型禽流感病毒,此后,该亚型病毒开始在我国鸡群内蔓延,严重影响着我国养禽业的发展。而且,H9N2亚型禽流感病毒可以直接感染人类,具有重要的公共卫生意义。1996～2004年,我国大陆分离的H9N2亚型禽流感病毒以CK/BJ/1/94亚群为主。为了持续观察该亚型病毒的变异方向,本研究选取了2005～2009年我国大陆分离的51株病毒,进行了HA和NA基因的遗传演化分析。HA基因进化分析表明,51株病毒均属于CK/BJ/1/94亚群,但亚群内51株病毒明显分成4个分支,分支间同源率在93.9%以下;2008年和2009年分离的病毒基本上在同一分支上,具有更近的亲缘关系。NA基因中有35株病毒属于CK/BJ/1/94亚群,其余16株病毒均属于G9亚群。本研究表明,我国大陆流行的H9N2亚型禽流感病毒依然以CK/BJ/1/94亚群为主,但已发生明显的变异。研究还发现,在不同省份分离的H9N2亚型禽流感病毒具有很高的同源性,说明禽流感病毒会突破地域限制呈大范围流行,不同宿主分离的毒株具有很高的同源性,表明当H9N2亚型禽流感病毒进入某一地区后,常会引起该地区多种家禽感染,并且由于它的低致病性而使其更易长期在家禽间隐性感染和传播,增加了防控难度。对51株病毒HA和NA基因序列分析表明,HA基因裂解位点处的氨基酸序列为-R(K)S(A)SR/GL-,无多个碱性氨基酸插入,具有典型的低致病性禽流感病毒HA基因特征。HA基因的受体结合位点没有表现出很大的差异,特别是226位氨基酸,51株病毒中50株都是谷氨酰胺(Q),没有毒株呈现出典型的人流感受体结合特性;但51株病毒中有44株病毒在324位点上有一个潜在的糖基化位点,此位点在HA1和HA2裂解位点附近,此位点的糖基化可能影响到HA链的裂解,对病毒的特性产生影响。属于CK/BJ/1/94亚群的35株病毒与以前分离的病毒相比NA基因颈部均有9个核苷酸的缺失,而属于G9亚群的16株病毒的NA基因颈部未发生缺失。疫苗免疫在我国的禽流感的防控中发挥了重要作用。为筛选出具有良好免疫原性的H9N2亚型禽流感灭活流行株种毒,本研究选择了2008年中国大陆8个省份分离的15株H9N2亚型禽流感病毒进行抗原性分析,选取其中6株代表流行株进行鉴定并制备灭活疫苗,进行免疫效力评估。以106EID50剂量鼻腔感染途径攻毒后,6株病毒中只有CK/HuN/174/08和CK/HuN/33/08株灭活疫苗免疫鸡不仅可以对同源毒株的攻击提供良好的免疫保护,而且对08年异源毒株的攻击也能提供比较理想的免疫保护,可作为适合我国大部分地区应用的H9N2亚型禽流感灭活疫苗种毒株。