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本研究以鲁加1号（MalusdomesticaBorkh.cv.Lujia1）等31个加工苹果品种为试材，采用IT-ISJ标记（IntronTargetedIntron-exonSpliceJunction，即内含子—外显子拼接位点标记）技术，建立了苹果IT-ISJ标记分析技术体系，分析了供试加工苹果品种的遗传关系。
1、比较了加工苹果品种基因组DNA提取方法
比较了改良CTAB法和无需液氮的CTAB法。结果表明，无需液氮的CTAB法获得的DNA纯度与改良CTAB法相当，简便易行，但DNA浓度较低。改良CTAB法可以有效地去除蛋白质和多糖类杂质，获得的DNA纯度和浓度都比较理想。
2、建立了加工苹果品种IT-ISJ分析技术体系
优化了苹果IT-ISJ分析中PCR扩增酶、模板DNA、引物的浓度，筛选了PCR反应中的最适温度。研究表明，加工苹果品种IT-ISJPCR反应体系采用TIANGEN公司生产的2×TaqPCRMasterMix，使用15μl的反应体系为宜。反应体系中含TaqPCRMasterMix7.5μl、浓度约为20ngμl-1的模板DNA2μl，以及10ngμl-1的引物组合各0.75μl。扩增程序为:94℃预变性5min，94℃45sec，50℃45sec，72℃1min，总共40个循环，最后72℃延伸10min，4℃保温。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳，应用银染技术检测扩增和电泳结果。
3、筛选了87对适合加工苹果品种IT-ISJ分析的多态性引物组合
选用正向引物8个，反向引物34个，并将正反向引物进行两两组合，对配置的272对引物组合进行了筛选，获得了87对具有多态性的引物组合，其中有5对引物组合表现出很高的多态性，可对需要进行鉴别的加工苹果品种进行有效的区分。这5对组合分别是:IT-ISJ13F/IT-ISJ14R、IT-ISJ13F/IT-ISJ16R、IT-ISJ13F/IT-ISJ43R、IT-ISJ14F/IT-ISJ43R、IT-ISJ15F/IT-ISJ16R。
4、计算了加工苹果品种之间的相似系数，绘制了聚类分析图
利用NTSYS-2.1软件中的Jaccard方法计算了各供试品种之间的相似系数，采用UPGMA法进行了聚类分析，计算出了各加工苹果品种组合间的遗传距离，绘制了31个供试品种的聚类树状图。结果表明，供试的31个苹果品种的相似系数平均值为0.49，变异范围为0.49±0.37。其中，倭锦和邦扎相似系数最小，仅为0.26;鲁加2号和鲁加6号相似系数最大，达到了0.86。供试品种中相似系数大于0.50的组合有182个，占所有供试组合总数的39.3‰而相似系数小于0.50的组合有283个，占所有供式组合总数的60.7％，说明品种之间存在较大的遗传差异。在相似系数为0.50时，供试的31个苹果品种可以分为7组。其中，其中第一组是倭锦（组），第二组是酸王（组），第三组是邦扎（组），第四组是特早红（组），这四组的品种与其它品种之间亲缘关系较远，因此都是单独成组。第五组是酿酒品种组，包括5个单宁含量较高的品种（美娜、甜格力、苦开麦、苦绯甘、大比耐）。第六组为制汁品种组，包括9个传统的制汁品种:瑞丹、瑞林、瑞拉、小黄、贝当、上林、瑞莲娜、甜麦、澳洲青苹，说明传统制汁品种之间具有相近的亲缘关系。第七组为柱型品种组，包括13个品种，其中有新培育的加工品种（鲁加1号～8号）和新品种的亲本特拉蒙以及与特拉蒙相关的旭、威塞克旭、塔斯坎和特珍，这13个品种有共同的原始亲本旭，亲缘关系相近，因此聚为一组。
本研究为在加工苹果品种育种过程中，科学选配杂交亲本，提高育种效率提供了理论基础，也为加工苹果品种鉴定，新品种保护及利用提供技术支持。