20世纪90年代,我国证券市场实现了无纸化操作，迎来了证券无纸化时代。但是，并未建立起适应无纸化发展需要的证券登记制度。我国证券登记制度并未定义证券账户法律性质，也未理清证券登记机构与相关主体的法律关系。在无纸化背景下，证券权益人丧失了对权利载体的直接控制，更加依赖中介机构实现权利表彰、权利转移。投资者与证券公司、证券登记机构等中介机构之间有关证券权利确认、错误登记的纠纷层出不穷。现有制度框架仍然是基于纸质背景而设计的，并未对投资者权利实现有效确认，没有为质权实现提供便利的登记办法，也没有为保障证券权利的行使而设计完整的救济体系。为此，本文围绕这三方面问题开展研究。第一部分证券登记确权功能失效的主要表现及原因。权利表彰不完整以及权利表彰不真实,是证券登记确权功能失效的主要表现。证券存管、登记、结算一体化操作方式，加上人们固有观念的影响，导致账户登记与持有人名册登记混同。因而，人们在实务操作与理论研究中混淆了证券登记载体，使得证券登记确权功能失效。对此，应分设证券登记系统与持有人名册登记系统，赋予持有人名册登记系统公示力；摒弃封闭股东名册的做法，根据交易结果确立权利主体；明确证券登记机构在集中交易中谨慎审查的义务。第二部分质押登记规则受质疑的主要表现及原因。多个质权共存时权利表彰困难,孳息强制登记的合法性受质疑，是质押登记规则存质疑的主要表现。原因在于，质押标的失去直观表现形式，并且与证券权利标的共存于证券账户内。而实务界没能认识到无纸化证券质押标的的特征，采取了无效的方式登记质押标的。这样，造成了质权表彰困境，使得孳息强制登记的做法受质疑。对此，应通过区分标的代码及数量来划分质押标的；采用一对一的登记方式，区分不同质权；将质权孳息登记的选择权交还给质押当事人，由双方自由决定是否一并质押登记。第三部分证券权益人在权利救济上面临困境的主要表现及原因。证券权利救济出现障碍的主要表现在于，在错误登记时，证券权利人无法向相关主体直接寻求救济；在存在无权处分时，证券登记制度无法保障善意受让人的权利。主要原因在于，我国现有法律关系框架构建起登记机构与投资者间接法律关系，使得投资者直接向登记机构主张权利受阻；由于名义人登记权利义务体系缺失以及证券责任体系不完善，证券登记过程中证券权利救济容易出现障碍。针对这些问题，笔者进一步提出对策：明确名义人登记中权益人对证券账户内的证券权利享有共同权，建立新的法律框架以赋予变更登记中投资者直接向登记机构主张相关的权利；在错误登记情形下，针对系统错误登记现象，建立多方参与的系统风险预防机制；明确界定善意取得的适用范围及构成要件。