国家高度重视灌区,并拨付专项资金支持灌区的建设发展,但灌区专项资金在使用的过程中存在延迟支付、挪挤占用、损失浪费等问题,导致灌区改造任务未按时完成、灌区运行维护效果欠佳等现象的发生。因此应加强对灌区专项资金的审计,推动专项资金管理体系的完善,促进专项资金的规范化使用,提升专项资金的使用效益,故对灌区工程项目专项资金开展审计具有必要性。本文基于公共受托责任理论、新公共管理理论和“免疫系统”理论,首先分析了我国工程项目专项资金审计的制度背景。其次通过引入S省D县E灌区审计案例,分析实习参与项目收集到的资料,将政府审计细分定位为中型灌区工程项目专项资金审计,分析中型灌区工程项目专项资金审计的现状:其中包括审计查找出的问题,审计工作存在的问题,以及对审计工作存在问题进行原因分析。并重点阐述了在此次审计中的四个关键考虑因素:一是关注工程项目专项资金使用的合规性;二是关注工程项目专项资金使用的效益性;三是关注工程项目专项资金使用的过程性;四是关注工程项目专项资金使用的结果性。最后针对在案例研究中发现的问题,提出优化审计工作的对策建议,主要包括:一是合理调配审计资源,聚焦资金使用效益;二是加强审计人员培训,注重合规使用资金;三是全程跟踪项目建设,重视资金使用过程;四是高效利用新兴技术,关注资金使用结果;五是科学设计指标体系,精准明确审计内容。研究结论为:在审计过程中更关注工程项目专项资金使用的合规性、效益性、过程性和结果性有利于审计问题的查处,提升审计效率。本文的创新点有以下两点:第一,不同于已有研究较多地讨论了工程项目审计,关注点主要集中在工程项目建设方面;而本研究将论述主体集中在对中型灌区工程项目专项资金开展的审计,属于新的研究内容。第二,本文通过对E灌区工程项目专项资金审计的全流程分析,将审计的侧重点放在专项资金上,打开灌区工程项目专项资金审计,细化研究审计内容,并从合规性、效益性、过程性、结果性四个方面对专项资金审计进行多维度分析,分析审计方法,属于新的研究思路。