在国家大力发展战略性新兴产业的新历史时期，国防科研院所对经济社会发展的贡献度日益提高。为了提高科学研究资源配置和科学研究管理水平，加强自主创新和技术进步，在国防科研院所实施绩效管理是很必要的。本文将综合平衡计分卡与国防科研院绩效管理结合起来，研究构建战略性绩效评价指标体系的实践方法。由于国防科研院所的公益属性，科学研究工作的高复杂性、多目标性和长周期性等特点，需要在搭建绩效评价指标体系时进行大胆和有力的创新。本文以综合平衡计分卡、利益相关者、层次分析法和绩效指标等理论为基础，研究以履行社会责任为导向、知识型劳动为主的绩效评价模型，阐述了如何应用综合平衡计分卡构建绩效指标体系的思路和方法。并结合某研究所绩效评价体系的实践案例，印证了国防科研院所应用综合平衡计分卡开展绩效评价的可行性和科学性。本文在充分考虑到国防科研院所组织特殊性的基础上，运用社会学和管理学理论，研究构建适应当前国防科研院所的绩效评价指标体系的科学方法，有利于提高科研院所的战略执行力和运营效率，有利于资金分配和科研人员的配备更加合理、科研人员的积极性的提高、创新突破性的科研成果诞生，整体提升国防科研院所核心竞争力。