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猪博卡病毒（porcine bocavirus，PBoV)是新近发现的，可引起猪腹泻以及呼吸道疾病的细小病毒科成员，可严重影响猪的生长及肉品质量。本研究拟通过对猪肉样品中PBoV NS1基因检测及比对分析，以及河南分离株PBoV-HN2基因组分析，了解中国猪群PBoV感染状况及其分子变化特征。以纯化的重组His-NP1为包被抗原，建立猪血清中PBoV抗体的检测间接ELISA方法，为评价该病毒对养猪生产及对猪肉品质影响的评估提供依据。猪肉PBoV感染的分子流行病学调查本研究基于PBoV非结构蛋白NS1编码区设计检测引物，采用PCR方法检测了采集自中国河南、山东、辽宁、河北、天津等不同地区的403份猪组织样本，通过PCR检测结果表明，中国猪群中存在PBoV感染，阳性率为11.41%(46/403)。PBoV感染存在地域性差异，山东省猪场PBoV阳性检出率41.86%（18/43）显著高于其它省市，脾脏样本中PBoV阳性检出率20.75%(11/53)及腹股沟淋巴结中的阳性检出率27.18%(28/103)显著高于其它组织。将20株PBoV阳性样品测序与GenBank登录的24株人博卡病毒以及其它种属的博卡病毒分离株序列进行系统进化树分析，将PBoV系统进化树分成了6个基因群（PBoV-a~PBoV-f）。本实验中检测获得20株PBoV阳性菌株均分布在PBoV-a基因群至PBoV-d基因群，基因群之间的核苷酸同源性为90.1%至99%。实验表明猪群PBoV感染情况复杂，具有明显的基因多样性。PBoV分离株全基因组解析为了解屠宰猪博卡病毒PBoV基因组分子特征，根据GenBank中登录的PBoV的全基因组序列，设计合成了3对引物，通过PCR扩增，克隆了河南分离株PBoV-HN2全基因组。测序结果显示，PBoV-HN2基因组全长为5292bp， GenBank登录号为KC473563。PBoV-HN2全基因序列与14个猪博卡病毒全基因组核苷酸序列同源性达49～90%，与传统PBoV3、PBoV4、PBoV5型较为接近。PBoV-HN2各编码区（NS1、NP1、VP1、VP2）基因分别与已报道的PBoV1、PBoV2、PBoV3、PBoV4、PBoV5型基因组编码区氨基酸序列进行比较，PBoV-HN2非结构蛋白NS1、NP1，结构蛋白VP2与PBoV3型更接近，同源性分别为97.6%、95.13%、71.64%；结构蛋白VP1与PBoV4更接近，同源性为76.20%，PBoV-HN2株可能为一新型变异或重组的PBoV3型病毒。重组PBoV-NP1蛋白的表达及其抗体检测ELISA方法的建立将非结构蛋白NP1基因克隆至原核表达载体pET28a，将重组质粒转化E.coli BL21（DE3）诱导表达，应用免疫印迹对重组蛋白的抗原性进行分析，重组蛋白可与PBoV阳性血清特异性地结合，表明重组蛋白具有良好的免疫原性。以纯化的重组His-NP1为包被抗原，建立了猪血清中PBoV抗体的检测间接ELISA方法，对2006年采集的317份猪血清抗体检测的结果表明，PBoV阳性率为8.52%(27/317)。屠宰猪PBoV NS1基因检测及PBoV NP1蛋白抗体检测方法的建立，为PBoV感染的分子流行病学调查及其对肉品质量安全影响的评估奠定了基础。