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在我国，食用植物蛋白质和油脂的主要来源是大豆，所以提高大豆蛋白质和油分含量始终是主要的育种目标，为提高育种效率，应用分子标记定位QTL，已经开展广泛的研究。本研究利用蛋白质与油分含量差异较大的三个大豆亲本东农L13、合农60和黑河36，分别构建了以东农L13为共同亲本，即东农L13╳合农60，东农L13╳黑河36衍生的两个重组自交系群体RIL3613和RIL6013，其中，RIL3613包含134个株系，RIL6013包含156个株系。利用三个不同生态环境下调查记录所得的数据对大豆蛋白含量和油分含量进行了表型数据分析，分别利用具有多态性的150个和137个SSR标记构建遗传图谱，采用完备区间作图法(ICIM)，同时采用了条件和非条件的方法对三年三个环境下的蛋白质和油分含量进行QTL定位。得到的结果如下：
(1)共定位到11个油分含量QTL，位于连锁群C1、H、D1a、D1b、D2、A2、I、G上，可解释表型变异分别为5.72%~20.07%，其中，有4个QTL加性效应的效应表达不受蛋白质含量的影响，即qOil-C1-1、qOil-H-1、qOil-H-1和qOil-I-2；3个QTL部分受到蛋白质含量的影响，即qOil-D1a-2、qOil-D2-1和qOil-A2-1；4个QTL加性效应的效应表达完全受蛋白质含量的影响，即qOil-D1a-1、qOil-G-1、qOil-I-1和qOil-D1b-1。
(2)结果定位到15个蛋白质含量QTL，位于连锁群D1b、O、B1、J、G、L、I、F、J、D2、A1上，可解释表型变异分别为1.64%~12.11%，其中，有9个QTL加性效应的效应表达不受油分含量的影响,即qPro-D1b-1、qPro-D1b-2、qPro-O-2、qPro-O-1、qPro-B1-1、qPro-J-1、qPro-G-1、qPro-L-1和qPro-I-1；3个QTL部分受到油分含量的影响，即qPro-F-1、qPro-J-1和qPro-D2-1；3个QTL加性效应的效应表达完全受油分含量的影响，即Pro-A1-1、qPro-D1b-3和qPro-O-3。
(3)结果定位的位点与前人研究一致的有21个，其中油分含量的有8个，为qOil-D1a-1、qOil-D1b-1、qOil-D1a-2、qOil-C1-1、qOil-A2-1、qOil-H-2、qOil-D2-1和qOil-I-1；其中蛋白质含量的有13个，为qPro-D1b-1、qPro-D1b-2、qPro-D1b-3、qPro-O-1、qPro-O-2、qPro-O-3、qPro-B1-1、qPro-F-1、qPro-E-1、qPro-J-1、qPro-D2-1、qPro-L-1和qPro-I-1。
(4)结果检测到一因多效的QTL有2个，位于连锁群G上Satt503–Satt288区间内的同时控制蛋白质性状相关QTL和油分含量QTL，即qPro-G-1和qOil-G-1，另一个为位于连锁群D1b上Sat_069-Sat_183区间内的同时控制蛋白质性状相关QTL和油分含量QTL，即qPro-D1b-3和qOil-D1b-1。
(5)新发现的QTL共有5个，其中油分含量的有3个，为qOil-H-1、qOil-G-1、qOil-I-2，分别位于连锁群H上Satt181-satt434区间内、连锁群G上Satt503-Satt288区间内、连锁群I上Satt571-Sct_189区间内。其中蛋白质含量QTL有2个，为qPro-A1-1、qPro-G-1，位于连锁群A1上Satt717-Satt620基因组区域内、连锁群G上Satt503-Satt288基因组区域内。
(1)共定位到11个油分含量QTL，位于连锁群C1、H、D1a、D1b、D2、A2、I、G上，可解释表型变异分别为5.72%~20.07%，其中，有4个QTL加性效应的效应表达不受蛋白质含量的影响，即qOil-C1-1、qOil-H-1、qOil-H-1和qOil-I-2；3个QTL部分受到蛋白质含量的影响，即qOil-D1a-2、qOil-D2-1和qOil-A2-1；4个QTL加性效应的效应表达完全受蛋白质含量的影响，即qOil-D1a-1、qOil-G-1、qOil-I-1和qOil-D1b-1。
(2)结果定位到15个蛋白质含量QTL，位于连锁群D1b、O、B1、J、G、L、I、F、J、D2、A1上，可解释表型变异分别为1.64%~12.11%，其中，有9个QTL加性效应的效应表达不受油分含量的影响,即qPro-D1b-1、qPro-D1b-2、qPro-O-2、qPro-O-1、qPro-B1-1、qPro-J-1、qPro-G-1、qPro-L-1和qPro-I-1；3个QTL部分受到油分含量的影响，即qPro-F-1、qPro-J-1和qPro-D2-1；3个QTL加性效应的效应表达完全受油分含量的影响，即Pro-A1-1、qPro-D1b-3和qPro-O-3。
(3)结果定位的位点与前人研究一致的有21个，其中油分含量的有8个，为qOil-D1a-1、qOil-D1b-1、qOil-D1a-2、qOil-C1-1、qOil-A2-1、qOil-H-2、qOil-D2-1和qOil-I-1；其中蛋白质含量的有13个，为qPro-D1b-1、qPro-D1b-2、qPro-D1b-3、qPro-O-1、qPro-O-2、qPro-O-3、qPro-B1-1、qPro-F-1、qPro-E-1、qPro-J-1、qPro-D2-1、qPro-L-1和qPro-I-1。
(4)结果检测到一因多效的QTL有2个，位于连锁群G上Satt503–Satt288区间内的同时控制蛋白质性状相关QTL和油分含量QTL，即qPro-G-1和qOil-G-1，另一个为位于连锁群D1b上Sat_069-Sat_183区间内的同时控制蛋白质性状相关QTL和油分含量QTL，即qPro-D1b-3和qOil-D1b-1。
(5)新发现的QTL共有5个，其中油分含量的有3个，为qOil-H-1、qOil-G-1、qOil-I-2，分别位于连锁群H上Satt181-satt434区间内、连锁群G上Satt503-Satt288区间内、连锁群I上Satt571-Sct_189区间内。其中蛋白质含量QTL有2个，为qPro-A1-1、qPro-G-1，位于连锁群A1上Satt717-Satt620基因组区域内、连锁群G上Satt503-Satt288基因组区域内。