秦川牛生长和胴体性状与相关候选基因SNPs的关联性分析

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肉牛产业是我国当前畜牧业发展的重要组成部分,提高肉牛的生长速度和肉质品质是当前肉牛育种的主要目标。肉牛的生长和胴体性状是典型的由多基因调控的数量性状,其遗传调控机制复杂。秦川牛具有适应性强、耐粗饲等特点,是我国优良地方品种之一,但与国外肉牛品种相比仍有生长速度慢,产肉量低等问题,因此利用分子标记辅助育种技术提高秦川牛的生长和胴体性状,对于肉牛产业发展具有重要意义。近年来的研究表明,AKIRIN2基因c.*188G>A位点、TTN基因g.231054C>T位点、MYBPC1基因g.70014208A>G位点和EDG1基因g.1471620G>T位点对日本黑毛和牛大理石花纹肉等级具有重要影响。为探究上述4个位点对秦川牛生长和胴体性状的影响,本研究利用Mass ARRAY和PCR-RFLP技术对350头陕西秦川牛、24头山东鲁西黄牛、41头内蒙古蒙古牛、50头蒙古国蒙古牛、50头湖南巫陵牛和50头广西隆林牛的上述4个位点进行基因分型和遗传多样性分析,并对其与秦川牛的生长和胴体性状进行关联性分析。同时,本研究还进一步比较了上述4个位点的优势等位基因在11到47个不同国家地区的肉牛群体中的分布。最后,利用实时定量PCR技术分析了上述基因在秦川牛背部最长肌中的m RNA的表达量与肌内脂肪含量(intramuscular fat content,IMF)的相关性。结果表明:(1)AKIRIN2基因c.*188G>A位点、TTN基因g.231054C>T位点、MYBPC1基因g.70014208A>G位点和EDG1基因g.1471620G>T位点在秦川牛、鲁西黄牛、内蒙古蒙古牛、蒙古国蒙古牛、巫陵牛和隆林牛6个黄牛群体中均符合Hardy-Weinberg平衡;(2)AKIRIN2基因c.*188G>A位点与秦川牛的体斜长、腰角宽、胸深和胸围显著相关(P<0.05);TTN基因g.231054C>T位点与秦川牛体高、胸深、胸围和背膘厚显著相关(P<0.05);MYBPC1基因g.70014208A>G位点与秦川牛的体斜长、体高、腰高、尻长、腰角宽、胸深和眼肌深度显著相关(P<0.05);EDG1基因g.1471620G>T位点与秦川牛的腰角宽、背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪含量显著相关(P<0.05);(3)AKIRIN2基因c.*188G>A位点的A等位基因频率在我国黄牛群体中由北到南逐渐降低;AKIRIN2基因c.*188G>A位点的A等位基因频率、TTN基因g.231054C>T位点T等位基因频率、MYBPC1基因g.70014208A>G位点A等位基因频率和EDG1基因g.1471620G>T位点T等位基因频率在我国的6个黄牛群体中均显著低于日本黑毛和牛(P<0.05);(4)AKIRIN2和TTN基因在低IMF组的m RNA表达量显著高于高IMF组(P<0.05和P<0.01);MYBPC1和EDG1基因在高IMF组的表达量显著高于低IMF组(P<0.01和P<0.05)。综上,AKIRIN2基因c.*188G>A位点、TTN基因g.231054C>T位点、MYBPC1基因g.70014208A>G位点和EDG1基因g.1471620G>T位点可用于提高秦川牛生长和胴体性状的分子标记辅助育种技术,为秦川牛的遗传改良提供科学依据。
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