在知识经济时代,经济全球化进程日益加快、科技进步发展迅速以及综合国力竞争也日渐激烈的背景下,作为高等教育重点领域的高校学科建设正逐渐成为区域经济快速增长的强大驱动力。然而,在中国加入WTO以及高等教育规模逐年扩大的新要求下,新疆维吾尔自治区高校学科专业设置在一定程度上还存在着与经济建设和社会发展不相适应等问题。因此,更好地把握区域产业结构与高校学科建设的协调发展关系,不仅是新常态下提出的要求和挑战,更是实现全面建设小康社会的一项艰巨任务,而且对于匹配高校人才培养与产业结构发展的需求、促使高等教育培养的人才更好服务于社会发展等具有重要的现实意义。本研究首先基于国内外有关产业结构与高校学科建设协调关系的现有研究成果,梳理相关概念、理论及研究方法,发现现有文献更多是定性评价区域产业结构与学科建设的协调关系,而较少使用定量方法进行评价。其次,从发展状况、互动关系两个方面分别对新疆产业结构演进以及高校学科建设状况进行现状分析,并尝试定性分析两者之间的协调关系。接着,从区域经济整体水平、产业结构水平、经济社会响应3个子系统以及资源条件、成果产出、环境协同3个子系统构建新疆产业结构和高校学科建设协调发展的耦合关系评价指标体系,应用改进熵值法和系统耦合模型,对新疆产业结构演进系统与高校学科建设系统分别进行综合评价,并在此基础上测算两者之间的协调耦合程度。结果表明:在1997-2013年间,新疆产业结构演进与高校学科建设两个系统耦合关系水平较高,总体分类属于协调发展类,但协调发展度略有微小波动,产业结构与高校学科建设的协调关系“此起彼伏”。最后提出相关协调对策,即主动调整新疆三次产业结构,促进产业协调发展;主动调整新疆高校教育结构,促进教育结构与产业结构动态平衡;主动加强创新能力培养,促进产业结构和高校学科建设协调发展。