随着全球知识经济时代的到来,企业价值的增长模式逐渐由依靠有形资产向无形资产转变,资产结构也相应产生变化,特别是以创新为竞争焦点的高新技术企业,近几年不断加大研发力度,提高无形资产比例,以此驱动企业的价值创造。完善的公司治理结构能够降低公司代理成本、提高资源配置的有效性,提升公司创新决策能力,从而加大无形资产投入力度,并有助于实现公司价值最大化,实现公司的可持续发展。本文运用规范研究和实证研究相结合的方式,在总结国内外企业无形资产相关文献研究的基础上,结合我国高新技术企业的特点,从股东结构、董事会结构和高管激励三方面分析了公司治理结构对无形资产投入的影响,并选取了高新技术上市公司2008-2010年三年的数据进行相关实证分析。主要研究结论有如下五点：(1)董事会规模越大,企业无形资产越高。(2)董事会独立董事比例越高,企业无形资产越高。(3)第一大股东持股比例越高,企业无形资产越低。(4)第二到十大股东持股比例之和越高,企业无形资产越高。(5)高管薪酬激励对于企业无形资产的投入有正面影响。本文根据实证研究结论进行深入分析,说明我国高新技术企业公司治理结构对无形资产投入具有一定的影响。因此,本文建议需改善股权结构,完善董事会结构,保持董事会独立性,并加强高管的激励和监督,从而完善公司治理结构,促进无形资产水平的提高,为高新技术企业凝聚核心竞争力。