基层行政机关公务员考核制度是公务员管理制度的基础，考核方法的科学性、考核结果的客观性、考核运用的有效性，直接影响各项公务员管理工作的真实有效性，决定着基层行政机关公务员行政效率低下问题能否得到有效解决。我国自确立公务员管理制度以来，经过十余载的摸索实践，已经拥有了一套符合国情的较为完整的制度体系。但不可回避的是，问题和挑战在我国目前的基层行政机关公务员考核制度中仍然存在，这些问题既有制度方面的，也有实践方面的，各个问题相互作用，导致了行政效率不高、政府形象不佳、用人之风不正等不良后果的出现。因此，各地基层行政机关将完善基层行政机关公务员的考核制度、探索基层行政机关公务员考核制度的新模式作为首要问题。　　激励理论作为专门研究组织管理的理论，从社会角度及个体心理角度探寻个体行为与组织间相互作用的关系，为制度设计者和管理者通过构建科学合理的考核体系实现对公务员群体的激励及管理，提供了理论指导。本文通过对我国现行基层行政机关公务员考核制度的梳理和分析，以丽水市为例，以激励理论为视角分析目前基层行政机关公务员考核制度存在的问题及原因，并提出切实、有效的具体完善方案。通过对丽水市基层行政机关公务员考核制度梳理和调查，运用期望理论、马斯洛需要层次理论、公平理论、强化理论等激励理论的分支理论，总结出其存在缺乏量化考核标准、考核手段单一、激励效用不足、缺乏结果反馈等问题。产生这些问题的主要原因在于基层行政机关公务员岗位设置及工作内容较为复杂、公务员管理中仍然存在平均主义倾向、政府对基层行政机关公务员的多层次需要认识不足，以及制度设计中外部因素对行为的强化不足等。　　基于以上问题及其成因的阐述，本文运用激励理论相关学说，提出了基于期望理论构建量化考核制度、基于公平理论增加考核结果等次、基于需要层次理论强化外部激励和内部激励、基于强化理论建立考核结果反馈机制等对策建议，以完善我国基层行政机关公务员考核制度。