东方次睾吸虫（Metorchis orientalis）是主要寄生于鸭、鸡和野生鸟类等禽类胆囊和胆管内的一种吸虫，引起胆囊高度肿大、胆囊和胆管壁增厚发硬、胆道堵塞和胆汁不能畅流等病理变化，导致食欲下降、体重减轻、消瘦、贫血和腹泻等症状，严重时可以引起死亡，对养业造成较大的经济损失。同时，东方次睾吸虫还可以感染人，但报道却很少，由于东方次睾吸虫和华支睾吸虫具有相同的中间宿主、流行区域和临床症状，因此，东方次睾吸虫很可能是一种被忽视的人兽共患寄生虫。目前对东方次睾吸虫的研究相对较少，主要集中在虫体形态结构、生活史和流行病学等方面。关于分子方面的研究，仅见部分核糖体的报道。线粒体是研究寄生虫分子分类、群体遗传和系统发生的重要基因标记，因此本课题的第一部分内容是，扩增东方次睾吸虫的线粒体全基因组，对获得的线粒体全基因组序列进行分析，并基于线粒体蛋白质编码基因序列构建系统发生树，探讨东方次睾吸虫与其它吸虫的亲缘关系，确定其在吸虫中的分类地位。结果，东方次睾吸虫线粒体全基因组为环形，全长为13,834bp，包含36个基因，即12个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rrnA还有2个非编码区。蛋白编码基因排列顺序与枭形目以外大部分吸虫一致，所有的基因沿着一个方向转录。将12个蛋白编码基因串联起来，以三代虫为外群，采用BI、MP和ML三种方法构建进化树的结果相似。进化树中，后睾科、片形科、异形科、并殖科、同盘科、双腔科和裂体科各自形成单分支。后睾科由东方次睾吸虫、麝猫后睾吸虫、华支睾吸虫和猫后睾吸虫构成，其中的后睾属的两种吸虫（麝猫后睾吸虫和猫后睾吸虫）并不在同一分支上，东方次睾吸虫和麝猫后睾吸虫的亲缘关系较猫后睾吸虫和华支睾吸虫近。关于东方次睾吸虫感染的检测方法主要是检查粪便中的虫卵，对于形态相似的吸虫虫卵很容易造成误判。因此，急待一种快速的检测方法。因此，本课题的第二部分内容是根据GenBank中发表的东方次睾吸虫ITS序列设计一对特异性引物，PCR扩增粪便样品中虫卵DNA，通过特异性敏感性和重复性实验，建立了一套快速检测东方次睾吸虫感染的方法。结果，阳性样品可扩增得到260bp的特异性条带，该方法检测华支睾吸虫、卷棘口吸虫、纤细背孔吸虫DNA样品均为阴性，该方法所能检测到的最低虫卵数为0.03125个/克粪便。临床检测87份鸭粪样本发现，6份为阳性，阳性率为6.9%。结果表明在大庆周边地区鸭子有东方次睾吸虫感染。本实验建立的PCR检测方法具有较高的特异性和灵敏性，可以用于鸭等禽类东方次睾吸虫病的诊断。本研究获得了东方次睾吸虫线粒体全基因，丰富了吸虫的线粒体基因组资料；并通过进化分析，确定了东方次睾吸虫在吸虫中的分类地位及与其它吸虫的亲缘关系；同时建立了一种敏感性高、特异性强、重复性好的检测东方次睾吸虫感染的PCR方法，为东方次睾吸虫流行病学调查和临床诊断奠定了基础。