近年来我国部分地区饮用水安全事故频发，彰显了从取水源头即饮用水水源地严格把关水质的重大意义，进而突出生态补偿这一协调经济发展与环境保护矛盾的制度价值和实施的必要性。目前该领域的理论探讨和制度实践都表明，饮用水水源地生态补偿相关制度的落脚点和重点是专项资金制度。文章从太湖水环境出发，立足生态补偿典型地区相关主体的权利义务，以资金制度为切入点进行剖析，是探究完善生态补偿制度最直接有效的方式之一，具有实践意义和可参考性。目前生态补偿已进入分类探讨阶段。虽然学界不乏对太湖流域生态保护的研究，但总体而言，由于环境问题的复杂性，多偏重模式构建和原理阐述，极少从法学角度透视，也未重视对现有规范的合理应用。当前推行生态补偿，主要依靠政府从试点实践中总结规律，用细则规定专项资金补助的方式来弥补因保护生态造成的经济损失，但实践中暴露出了利益分配机制、法制监管约束和公众参与受限等诸多方面的不足。文章首先明晰了生态补偿资金制度定位和理论基础，而后采用实例分析和社会调查的研究方法，对比周边地区，以苏州市及市以下纵向地方政府的专项资金制度细则为对象，重点分析生态补偿专项资金制度的实施应然和实然层面出现差异的原因，最后针对性地提出相应的完善对策。借助地区具体的资金数据和饮用水水源地周边利益主体的调查反馈进行实践分析，是文章的主要特色。当前，协调生态补偿所涉主体的利益关系，厘清流域范围政府间责任，并寻求资金制度需求和可行性制度供给的均衡点，是该领域法治化的有效进路。