目的:结合中药有效成分自身特点和中医药院校学科构成，探索计算机辅助药物设计软件在中药有效成分筛选中的应用形式和教学改良方法。　　方法:介绍了计算机辅助设计软件的构成、理论基础、算法实现原理，分析了当前我国尤其是中医药行业开展相应研究的现状，对与计算机辅助设计相关的Linux(@)操作系统进行了简要介绍，对主流软件做通过对目前主流计算机辅助药物设计软件进行实测和案例分析，分析中药有效成分自身结构特点对其中操作步骤，系统考察，参数设定、研究方案设计的影响。分析中医药院校通过计算机辅助药物设计系统的引入实现中药产业跨越性发展存在的机遇和挑战。　　结果:对现有计算机辅助药物软件进行系统介绍并提出相应的优化、应用建议和教学建议。　　结论:计算机辅助药物设计的引入将极大提升传统中药化学研究水平，扩展其在药物研发产业链中的份额，提升其经济地位;计算机辅助药物设计系统的引入需要解决人才和硬件双重难题;必须重视中药化学自身人才队伍的挖掘和培养;中药化学应当结合自身特点，走符合自身特色的发展道路。