当今世界已经进入全球化时代,国际政治、经济、文化等的交流越来越密集,要想实现社会经济的迅速发展,封闭于世界经济体系之外是不可能的；同时,国际层面上的竞争也越来越激烈,跨区域治理作为应对全球竞争的战略之一,已经引起了很多政治经济学者和政治行为者的关注。国内学者对跨区域治理的研究方法、角度各异,其中用制度的方法研究跨区域治理的尚在少数。但是不能否认,制度对个体、集体行为和市场能够起到十分重要的规制作用,地方政府间跨区域合作治理制度建设更是适应当前社会背景、市场发展和社会意识形态要求的必要选择方案。在我国,跨区域治理的制度建设尚处于初步阶段,传统的“行政区行政”区域内产生了很多制度内难以解决的问题,比如制度创新的主体不健全、制度内容不完善、对于制度的有效执行缺乏监督等,这就有必要在该领域进行理论和实践探索,并进行制度创新。在新制度主义视角下,结合“治理理论”和“制度厚度”理论,我国地方政府间跨区域治理研究的突破口应该集中于社会参与主体的多元化、主体之间广泛的信任与合作、合作制度的法制化以及监督和执行的同步性等方面。本文在总结概括新制度主义理论的基础上,对我国地方政府间跨区域治理的制度现状进行了详细分析,并针对转型过程中出现的区域性问题对症下药,提出了跨区域治理领域的制度创新方法。