笔者判断《农民专业合作社法》的出台将使农民专业合作社的外部治理环境逐渐趋于好转和完善，农民专业合作经济组织的发展也将处于一个新的发展转型期。但是其内部治理问题却逐渐成为农民专业合作经济组织发展的瓶颈，此时关注和研究其治理机制问题很有必要。 本文重点运用了理论分析和案例研究的方法。首先结合我国农民专业合作经济组织的实践对其治理的演进趋势进行了分析，在此基础上指出了目前其治理中存在的几个主要问题。然后通过理论分析确立了合作社治理的边界和其内部代理的几个问题，并在所确立的基本治理模型框架下，重点对农民专业合作经济组织的内部治理机制进行了研究，对其外部治理机制只做了简要的分析。另外笔者还建立了农民专业合作经济组织治理效率的“S-C-P”分析模型，并进行了案例研究。最后分析了影响其治理的几个重要因素。 笔者认为可以把农民专业合作经济组织内部治理问题归结为三个方面的问题，即风险控制问题、激励机制的建设和资本的聚集效率。围绕这三个问题，笔者在文章末尾建立了农民专业合作经济组织有效治理机制构建的解释模型，即逻辑框架。 本文是运用公司治理理论和新制度经济学的相关理论对农民专业合作经济组织治理机制研究的一次尝试。