本研究采用表型性状测定、生理生化测定以及分子生物学分析等技术研究了从我国内蒙古5个不同地区传统奶酪中分离的50株细菌的遗传多样性及其系统发育地位，并从中筛选出具有代表性的菌株进行产酸能力、人工模拟胃液耐受能力、产胞外多糖能力和β-半糖苷酶活性等功能特性研究，以期在掌握我国传统奶酪中微生物多样性基础数据的同时，为优良乳酸菌的选育和应用奠定基础。生理特性研究结果表明：（1）所有分离菌株中，奶酪Ch1中的分离菌株耐盐能力最强，奶酪Ch4和Ch5中的分离菌株的耐盐能力较弱。（2）五种奶酪中的分离菌株在弱酸性环境下生长良好，但在pH小于3.24的强酸性环境中都无法长时间生存。（3）从奶酪Ch2、Ch4和Ch5中分离的大部分菌株都可以在15℃和45℃生长，生长的温度范围较广,对温度的适应性较强。（4）从5种奶酪中分离出的绝大部分菌株都无法利用柠檬酸作为碳源。奶酪Ch2和Ch5中的分离菌株能够对除柠檬酸以外的其他七种糖类进行利用，具有很强的碳源利用能力。（5）奶酪Ch1和Ch3中的分离菌株都对四环素很敏感。奶酪Ch2中的分离菌株对各种选定的抗生素都有不同程度的抗性。奶酪Ch4中的分离菌株在卡那霉素（20μg/mL）和氯霉素（50μg/mL）中都能生长，对其有很强的抗性。大部分奶酪Ch5分离菌株则对除了庆大霉素（5μg/mL）以外的六种抗生素都有较强的抗性。（6）大多数奶酪分离菌株都具有不同程度的凝乳能力。奶酪Ch5中的分离菌株都具有凝乳能力，且大部分菌株的凝乳时间较短,大部分菌株在凝乳的同时还伴有酸味的产生，但4-E和4-F例外，它们凝乳时只有奶香味。然而来自奶酪Ch1的菌株都没有凝乳能力。（7）从五种奶酪中分离得到的菌株缺乏对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌等指示菌株的抑菌能力。分别利用16S rDNA-RFLP技术和细胞壁蛋白SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）对奶酪中的微生物多样性进行研究并将其归类。16S rDNA-RFLP结果表明在65%的相似性水平上，可以将50株分离菌株归为2个大群，在70%的相似性水平上，群I还可分为IIa和IIb两个亚群。群II只有3个菌3-A,3-F和3-J。绝大多数菌株都属于群I，IIa由来自1号和4号奶酪的菌株组成，IIb来自2号、5号奶酪以及除群II外的3号奶酪菌株组成。根据菌株细胞壁蛋白的电泳条带的不同，对分离菌株进行初步分类，在70%的相似性水平上，能够把分离菌株分为10簇和六个单独成簇的菌株1-N,2-C,2-I,2-K,4-A和5-N。通过以上两种方法得到了不同的分类结果，两种方法相比，细胞壁蛋白的聚类分析要更加精细，分类更加细化。通过16S rDNA鉴定，构建系统发育树，将来自不同奶酪的代表菌株初步鉴定到种。奶酪Ch1分离菌株1-D属于微球菌属中的微球菌属（Micrococcus yunnanensis），奶酪Ch2分离菌株2-A属于片球菌属（Pediococcus），奶酪Ch3分离菌株3-D和3-J属于乳杆菌属（Lactobacillus），奶酪Ch4分离菌株4-A则属于明串珠菌属（Leuconostoc），奶酪Ch5分离菌株5-K属于乳杆菌属（Lactobacillus）。6株代表性菌株中只有1-D不属于乳酸菌科。本研究对选自不同奶酪的代表菌株的不同功能特性进行了研究。结果表明：（1）6个代表性菌株的pH变化与酸度变化基本相同。发酵过程中，菌株1-D的pH和酸度几乎没有变化,没有产酸能力。其他5个菌株在培养初期产酸量较少，pH都无明显变化。12h以后细菌pH快速下降，产酸量逐渐上升，并达到各自的最大值。48h后菌株产酸几乎停止。（2）不同菌株对人工模拟胃液有不同程度的耐受能力。菌株4-A能够在胃液中存活并生长，有很强的耐受能力。菌株2-A、3-J和5-K在模拟胃液中的存活率较高，但1-D和3-D的存活率较低。（3）菌株1-D产胞外多糖的量最高，菌株3-J和5-K次之，相较于以上三个菌株，菌株2-A,3-D和4-A的胞外多糖含量则相对较低。（4）菌株1-D几乎没有β-半乳糖苷酶活力，这与其不属于乳酸菌的事实相符。3-J的酶活力远远高于其他菌株，而5-K的酶活力最低。又由菌株产酸曲线的变化情况可推出β-半乳糖苷酶活力与产酸能力呈正相关性。