随着我国对“三农”问题的重视，农民的组织化问题逐渐被提上议事日程。农民通过提高组织化程度将个体分散的农民组织起来，培育农民自身力量，切实维护农民群体利益。发展农民合作经济组织被认为是提高农民组织化程度的现实选择。国家对此做出了积极回应。2006年10月全国人大常委会通过了《中华人民共和国农民专业合作社法》，该法已于2007年7月1日起实施。这一法律的颁布和实施，一方面明确了农民专业合作社的法律地位，为合作社的发展提供了法律保障;另一方面也表明了政府对农民合作经济组织建设的重视，显示了农民组织化强大的外部推动力量。国家无论是制度建设还是财政投入都加大了对农民合作经济组织发展的支持力度，然而在现实中多数农民合作经济组织却流于形式，没有真正发挥应有的作用，整个农民合作经济组织的发展停滞不前。在农民合作经济组织发展过程中政府是一个关键影响因素。在对政府与农民合作经济组织发展关系问题的认识上，学界普遍认为目前中国农民合作经济组织的发展需要政府介入，学界也普遍从宏观层面上来认识这一问题。本文从微观层面出发，利用合作经济理论作为分析工具，以湖南省C市下辖R县和Z县两县的农民合作经济组织为主要实证研究对象，研究地方政府对农民合作经济组织发展的影响问题，对农民合作经济组织发展中的矛盾—国家强大的外部推动力与农民合作经济组织发展停滞不前现状相矛盾进行理论解释，认为地方政府部门利益影响了农民合作经济组织的发展。本文分析了地方政府部门利益的表现形式及形成的制度原因，地方政府部门利益从制度供给、监督管理、资金支持和引导服务四个方面影响农民合作经济组织的发展。本文从政治学角度对农民合作经济组织进行理论分析，以部门利益的微观层面对地方政府影响农民合作经济组织发展的现实状况进行解释，丰富了对农民合作经济组织发展理论的认识，为政府制定有关农民合作经济组织政策提供理论依据和现实参考。