溃疡性结肠炎患者与其健康同胞肠道菌群差异分析

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ycy111
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[目的]分析UC患者及其健康同胞肠道菌群结构及多样性,为挖掘新的治疗靶标提供科学依据,以期为UC的微生物诊断靶标奠定理论基础。[方法]收集UC患者及其健康同胞各50人的粪便,利用16S rRNA测序,对测序结果进行生物学信息分析。[结果]1.物种注释:门水平上,菌群主要由放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)组成,属水平上,菌群主要由拟杆菌属(Bacteroides)、乳球菌属(Lactococcus)、链球菌属(Streptococcus)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)等组成。2.UC 及对照组操作分类单元(operational taxonomic units,OTU):共有 1126个OUT,UC组和健康同胞组共有的OUT为887个,UC患者独有的OUT数为485个,641个菌群OTU为健康同胞独有。3.多样性比较:UC组α多样性、β多样性、菌群丰度均明显低于健康同胞组。4.UC与对照组菌群比较:在门水平上,UC中的变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)明显增多,而厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)明显减低。在科水平上,UC中的莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、疣微菌科(Ruminococcaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)显著高于对照组,而拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)显著低于对照组。在属水平上,UC中的肠球菌属(Enterococcus)、链球菌属(streptococcus)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、产志贺样毒素大肠埃希菌属(Escherichia-Shigella)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)明显增加,而拟杆菌属(Bacteroides)、类副杆菌属(Parabacteroides)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)、丹毒丝菌属(Erysipelatoclostridium)显著减低。在种水平上,UC明显增多的菌群为:马其顿亚型溶胆链球菌(Streptococcus-gallolyticus-subsp-macedonicus)、变异链球菌(Streptococcus-mutans)、副优链球菌(Streptococcusparauberis)、远缘链球菌(Streptococcussobrinus)、瓦拉尼链球菌(Streptococcus-varani)、大肠杆菌(Escherichia-coli)、肺嗜冷杆菌(Psychrobacter-pulmonis),UC明显减少的菌群为:凯西奥斯拟杆菌(Bacteroides-caecimuris)、德赖依拟杆菌(Bacteroides-dorei)、脆弱拟杆菌(Bacteroides-fragilis)、萨利尔斯氏拟杆菌(Bacteroides-salyersiae)、多形拟杆菌(Bacteroides-thetaiotaomicron)、椭圆形拟杆菌(Bacteroidesovatus)、戈德斯坦尼副拟杆菌(Parabacteroides-goldsteinii)。5.采用效应量进行线性判别分析(Linear Discriminant Analysis Effect Size,LEfSe)提示:UC组菌群在组间有显著差异的菌群为:链球菌科、肠球菌科、肠杆菌科;对照组菌群在群体间有显著差异的物种为:单宁科、消化链球菌科。6.以下细菌为UC患者粪便菌群:萨利尔斯氏菌(salyersiae)、戈德斯坦尼副拟杆菌(Parabacteroides-goldsteinii)、罗姆布茨菌(Romboutsia)、肺嗜冷杆菌(Psychrobacter-pulmonis),既往研究未报道上述菌群与UC的关系,其中萨利尔斯氏菌、戈德斯坦尼副拟杆菌、罗姆布茨菌对肠道炎症有提示作用,在UC中明显减少,而肺嗜冷杆菌增加,以上菌群的变化可能提示UC患者的炎症情况,为UC的微生物靶标诊断和治疗提供理论依据。[结论]1.本研究排除遗传、饮食等混杂因素的影响,研究提示UC与对照组肠道菌群有明显差异,健康同胞组的粪便菌群多样性、丰度均高于UC组。2.与健康同胞相比,UC组中拟杆菌门、厚壁菌门显著降低,以上菌群主要产生短链脂肪酸。采用效应量进行线性判别分析(Linear Discriminant Analysis Effect Size,LEfSe)结果提示UC患者肠道菌群变化主要为有害菌的增加,伴随有益菌的减少。
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