本文研究了三峡水库支流微囊藻水华的动态变化和消退过程，并通过原位围隔实验模拟研究了微囊藻细胞在其水华消退过程中的生理生态学变化。主要研究结果如下：　　 1.在2008年夏季(7-9月)对香溪河峡口(XK)、吴家湾(WJW和平邑口(PYK)三个样点分层采样，研究香溪河这三个区域藻类的演替和微囊藻水华的消退过程。监测结果表明：三个样点藻类生物量变化趋势相同，藻类生物量被两次强降雨明显分为三个区段；强降雨所带来的环境因子的剧烈改变，使得某些藻类突然消失，水体中总藻类生物量大幅减少；降雨过后，水体中总藻类生物量上升，伴随着一些藻类生物量的大幅增加。XK，WJW，PYK三个区域藻类的变化模式不完全相同，CCA分析结果显示这三个区域藻类演替过程的影响因子也有差异，但水温、浊度和溶氧是这三个区域藻类共同的显著性影响因子。微囊藻生物量也在降雨后大幅降低，但峡口与吴家湾微囊藻的消退时间有差别，分析认为这与样点间的地理差异有关。相关性分析结果显示：在峡口样点，微囊藻生物量与除硝氮外的因子都有显著的相关关系；在吴家湾样点，微囊藻生物量与水温、电导、光照、磷酸盐、氨氮、总氮、裸藻生物量(Euglena biomass)显著相关。强降雨虽然能够促使微囊藻细胞密度迅速降低，但是降雨会使得水体中营养盐浓度升高，对藻类总生物量增加也有间接性促进作用。　　 2.2009年夏、秋季神农溪暴发了严重的微囊藻水华，于2009年9月到2009年12月期间对神农溪整条河流进行采样，研究了此次神农溪微囊藻水华分布、消退过程及其影响因子。同时期的三峡水库年度性蓄水对微囊藻水华的动态变化有很大影响。蓄水期水位迅速升高，水温、pH和营养盐浓度降低；随着水位提高，微囊藻细胞密度也逐渐由1.64×109 cell/L下降到1.8×106 cell/L；微囊藻被推向新的回水末端，并形成水华。大量的微囊藻消失于不能适应这种剧烈变化的水体环境。水位稳定后，微囊藻主要分布于上游河流末端并逐渐消退。在水华消退过程中，微囊藻大群体逐渐解散为小群体；微囊藻细胞胞内糖含量/胞内蛋白含量比值增大；部分微囊藻细胞在消退过程中死亡。环境因子如水温、浊度、硝氮、总氮(TN)、总磷(TP)、和TN：TP等与微囊藻细胞密度显著相关。逐步回归分析结果得到水温对微囊藻细胞变化有显著影响。微囊藻活细胞比例及其群体组成也与水温显著相关。分析认为，三峡水库蓄水、水温降低、营养盐浓度及其比例变化，以及微囊藻胞内糖含量/胞内蛋白含量比值增大是此次神农溪微囊藻水华消退的原因。　　 3.对神农溪进行周年(2009.9-2010.9)采样监测，藻类计数结果显示微囊藻细胞密度在秋季开始减少；到2月，水体中微囊藻细胞密度降到最低；3月、4月微囊藻细胞密度增大；到7月、8月，微囊藻细胞密度达到最高，微囊藻在总藻类细胞中所占比例也明显增加。神农溪水体常年呈现轻度到中度富营养化，到6月水体营养负荷加重，部分样点达到重度富营养化。统计分析得到微囊藻细胞密度与水体营养状态指数呈显著正相关，但是2010年神农溪并没有出现微囊藻水华。通过分析比较2008年、2009年和2010年神农溪流域的气候气象，认为在2010年7月、8月发生的强降雨对微囊藻生长和水华形成造成重要影响。鉴于神农溪长期富营养化的水体状况，分析认为如果遇上干旱的夏季，库区水力调动小，水体滞留时间过长，有可能再次暴发微囊藻水华。　　 4.于2009年7月-8月在原位围隔中对微囊藻水华消退过程中的生理生态学进行模拟实验研究。实验观测到：1)在微囊藻水华消退过程中，微囊藻群体逐渐解散，降雨干扰后大群体明显减少，小群体增多；2)微囊藻群体和单细胞在沉降过程中死亡，最后仅剩下极少量活细胞；3)消退过程中微囊藻胞内糖和蛋白含量呈现同步增加趋势。相关性分析结果表明水温、浊度、总氮(TN)、总磷(TP)、TN：TP和氨氮等理化因子与微囊藻细胞密度显著相关；逐步回归分析结果得到浊度、溶氧、总磷、氨氮、电导和pH对微囊藻细胞密度变化有显著影响。但是，在整个微囊藻水华消退过程中，水温呈现逐步升高的变化趋势，而且水温一直处于适宜于微囊藻生长的温度之上。分析认为水温不是微囊藻细胞密度短期内波动变化的主要影响因子。胞内糖含量增加可能是微囊藻细胞下沉的原因之一，在香溪河中，微囊藻细胞复苏对其水华形成贡献有限。