仿刺参(Apostichopus japonicus)是我国重要的水产养殖生物,具有较高的食用价值和养生保健作用,现在已经发展成为我国海水养殖的支柱产业之一,分子标记辅助育种技术在筛选优良亲本、早期鉴定优良性状个体以及加快育种进程等方面起着重要的作用,而构建遗传连锁图谱则是数量性状位点定位和分子标记辅助育种的基础。利用AFLP标记以一个F1杂交家系为作图群体,以“拟测交理论”为作图策略,构建了仿刺参的雌性和雄性遗传连锁图谱。采用23对AFLP引物组合,对亲本和120个子代进行了分离分析,共得到1102个AFLP标记,其中具有多态性的标记为601个,多态性比例为54.5%。平均每个引物对产生26个多态位点。313个标记在父本或母本一方中出现并在子代中分离,其中母本分离标记161个,父本分离标记152个。经过卡方检验,265个标记符合孟德尔1：1分离(P>0.05)。利用软件JoinMap 3.0对分离标记进行连锁分析并构建图谱。135个AFLP标记用于雌性遗传连锁分析,其中102个标记定位在雌性图谱上。雌性图谱中标记分布于22个连锁群,图谱总长度为967cM,标记之间最大间隔为31cM,平均间隔为12.09cM,连锁群的标记数在2到17个之间。用于雄性连锁分析的-AFLP标记共有130个,其中92个标记定位在雄性图谱上,雄性图谱中标记分布于23个连锁群,图谱总长度为868cM,标记间最大间隔34cM,平均间隔12.58cM,连锁群的标记数在2到10个之间。雌雄基因组的预期长度分别为1411.43cM和1310.61cM,图谱覆盖率分别为68.5%和66.23%。遗传图谱的构建将为刺参重要经济性状QTL定位和分子标记辅助选择育种打下基础,并且促进中国刺参养殖业的健康持久发展。