近年来,我国高等教育事业快速发展,国家对高等教育事业的投入不断加大。随着中央财政对高等教育投入力度的加大,我国高校专项资金的规模也在不断增加。面对如此庞大的专项经费投入,如何保证高校专项资金合理运用,如何有效评价高校专项资金的使用效益是我们必须解决的实践性课题。随着绩效评价在公共财政支出领域的广泛使用,世界各国开始了将绩效评价扩展到高等教育领域的探索与研究。如何通过构建科学的指标体系,运用数学模型计算结果,对专项资金进行有效地绩效评价,不仅是提高我国教育经费的管理和使用效率的要求,也是促进政府管理职能转变、推动教育事业健康发展、实现教育经费管理创新的重要工作。本文以江苏高校优势学科专项资金的绩效评价为研究对象,首先运用主成分分析法(PCA)对投入产出指标进行筛选,再运用数据包络分析法(DEA)进行绩效分析。从相关理论和已有的研究出发,学习了投入产出理论、项目管理理论、数据包络分析相关理论,并综合分析了国内外学者运用数据包络分析法(DEA)对高校专项资金绩效评价的研究现状。针对数据包络分析法在学科建设绩效评价方面的研究缺失,将数据包络分析方法有效地运用到江苏高校优势学科专项资金的绩效评价。本文选取了江苏高校优势学科建设工程的17个理科类优势学科为样本,以江苏高校优势学科建设工程的十一项明细支出——设备购置费、维护维修及运行费、材料费、测试化验加工费、差旅费、会议费、国际合作和交流费、出版文献信息传播费、劳务费、专家咨询费、人才引进费作为投入指标,以教育部新世纪人才、国家杰出青年奖、长江学者特聘教授、创新团队、省级优秀博士论文、省级优秀硕士论文、国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金重点项目、SCI发表数、教材专著数、产学研基地、专利授权数为产出指标。考虑到过多的投入产出指标会影响数据包络分析法(DEA)评价结果有效性,最终本研究采用主成分分析法(PCA)筛选出三个投入指标、三个产出指标,再运用DEA方法对江苏高校优势学科专项资金项目的相关数据进行有效性分析评价其效率。本文以江苏高校优势学科为例,运用数据包络分析方法对优势学科建设项目进行绩效评价,以期为高校专项资金绩效评价和高校资金的有效管理提供理论依据和实践参考,为学校管理者提供决策参考。