灰藓科是侧蒴藓类中较大的科，约60属，分布世界各地，习见于多种基质上。灰藓科是最具多样化的一个藓类类群，对于灰藓科的界定、划分和科下关系有很多观点。对内蒙古灰藓科植物进行系统整理研究，一方面可以了解本区灰藓科植物种类和区系成分，丰富中国苔藓植物区系研究资料；另一方面可为灰藓科植物的系统演化研究提供基本资料；同时也是内蒙古植物生物多样性研究的重要组成部分和植物资源开发利用的重要依据。 通过对馆藏标本以及野外采集的新鲜标本的观察，依据国内及国外的专科、专属资料，研究发现内蒙古有灰藓科植物15属，33种(包括1变种和2变型)，其中中国新记录属1个，新记录种3个，内蒙古新记录属1个，新记录种4个。对分类群进行了形态描述，对新记录种绘图。 通过物种丰富度、属种相似性系数、区系谱主成分分析(PCA)、区系地理成分比较等多种方法与云南、横断山、秦岭、河北、西藏、东北、新疆、山东，河南的灰藓科植物区系进行了比较，分析结果可以看出内蒙古灰藓科植物区系成分中北温带成分为主体，占63.636％。其次为温带亚洲成分，占18.75％，说明该地区灰藓科植物属温带性质，这与其所处地理位置和该地区种子植物分布规律基本相符。发现内蒙古与河北的共有属和共有种最多，这与它们的地理位置、气候条件是一致的。根据内蒙古灰藓科植物研究现今取得的研究成果，对大兴安岭北部山地州、大兴安岭东麓州、燕山北部州、辽河平原州、西辽河平原州、大兴安岭南部山地州、大兴安岭西麓州、蒙古高原东部州、辽西黄土丘陵州、阴山州、阴南黄土丘陵州、贺兰山州12个植物州的灰藓科植物进行比较分析。随着近几年苔藓分子系统研究的开展、分支系统学理论的日趋完善和相应的生物学软件的发展，以传统分类为基础，结合分子资料和分支分类的资料对探讨灰藓科内各属的系统发生关系有重要意义。本研究对内蒙古灰藓科植物的ITS和rps4基因序列，采用简约法(maximum parsimony method，MP)和邻接法(neighbor-joining method，NJ)对获得的序列进行分析，并构建分子系统树，通过形态性状加权对灰藓科植物进行分支分析，将分子资料和分支分类的资料与灰藓科植物形态学特征有机结合起来，探讨灰藓科内各属的系统发生关系，结果表明：以rps4和ITS序列构建的系统树均支持灰藓科为并系类群；分子证据和分支资料都支持灰藓属Hypnum Hedw为并系类群；分子证据和分支资料都支持毛灰藓属Homomallium(Scjimp.)Loesk.为并系类群，毛灰藓属和金灰藓属Pylaisiella Kindb.ex Grout.有密切的联系，我同意Fleischer的观点将毛灰藓属置于亚科Pylaisioideae中；分子证据和分支资料都支持粗枝藓属Gollania Broth.的几个种为姐妹类群，这一属也可能是单系发生的类群，以ITS序列构建的MP树(100％)和分支资料都很好地支持金灰藓属的几个种为姐妹类群，该属可能是单系发生的，分支分析表明鳞叶藓Taxiphyllum taxiramenu和陕西鳞叶藓Taxiphyllum giraldii构成姐妹类群，鳞叶藓属Taxiphyllum Fleisch.有可能是单系发生的，对于这三个属是否为单系发生这一问题的探讨需进一步补充足够的分子证据；分子资料表明属Breidleria Loeske、Pseudostereodon(Broth.)Fleisch.、Ptilium De Not.、Ctenidium(Schimp.)Mitt.、Eurohypnum Ando与Hypnum Hedw的一些种有密切的联系；以rps4序列构建的MP树(75％)和NJ树(82％)都支持鳞叶藓Taxiphyllum taxiramenu和拟灰藓Hondaella caperata构成姐妹类群；以ITS序列构建的MP树(66％)和NJ树(78％)都表明美丽拟同叶藓Isopterygiopsis pulchella和鳞叶藓Taxiphyllum taxiramenu组成姐妹类群，分支资料也支持美丽拟同叶藓和鳞叶藓有一定的联系；rps4和ITS序列、分支资料在讨论藓类植物科内属间的系统发育关系时有一定价值，从中得到的部分结论和传统的系统分类能相互印证。只有将分子数据、分支资料和传统分类学取得的研究成果结合起来，才能更好地推动系统学的发展。