近年来,我国加大对农业基础设施建设投入力度,农田水利工程基础设施老化、年久失修,是改造项目的重要部分。由于农田水利工程项目投资少、覆盖广、基础差,致使高深施工理论方法难接地气、现场施工方法理论缺乏,造成政府企业投入产出失衡的现象。J公司作为一家水利二级施工企业,农田水利工程一直是其重要的业务组成,但由于管理差、监控难,一直存在成本高、效率低的问题,作为公司重要业务,利润并不理想。本文以J公司农田水利工程施工组织管理为研究对象,应用项目管理中图表法、全面质量管理、挣值管理等方法,从进度、质量、成本三个方面阐述科学的农田水利工程施工方法。首先以J公司已完成的农田水利工程项目为例,分析在工程项目建设中存在的问题:工程拖期、质量瑕疵、利润不高,并提出解决方案;之后在J公司新建的农田水利工程项目中,应用项目管理方法进行施工进度、质量、成本管理,通过与同类型工程项目对比,得出应用科学的项目管理方法达到按期完成、质量达标、利润提高的效果;最后,通过研究、总结科学的农田水利工程项目施工管理方法,为J公司及同行业相关人员提供参考。