MicroRNAs (miRNAs)是一个新发现的内源性的非编码小RNA家族,通过与靶mRNAs的序列互补从而在基因表达的转录后水平起着重要的作用。在植物中,大部分的miRNA与它们的靶mRNA是完全或者近乎完全配对的,因此miRNA介导的主要的调控机制是导致mRNA的断裂。植物中的miRNA几乎在植物的所有的生理和代谢过程中都起着极为重要的作用,包括植物的生长发育以及对各种各样的生物和非生物胁迫环境的应答。尽管在许多植物中己经鉴定了大量的miRNA,但是目前对miRNA的鉴定和功能分析主要集中在模式植物和农作物中,关于生长在胁迫条件的下的植物例如高山植物的miRNA的信息仍然是大部分未知的。在本研究中,我们首次采用直接克隆法、Solexa高通量测序技术和计算机分析方法鉴定了“温室植物”塔黄的79个miRNA家族,其中38个是保守的miRNA家族,41个是塔黄新的miRNA家族。塔黄生长在喜马拉雅山脉东部的高山地区,已经成为研究“温室植物”的模式物种。“温室植物”的上部叶子特化成了黄色的、半透明的苞片来适应高山环境。为了更好的理解miRNA在塔黄适应高山环境中的功能和调控机制,我们对塔黄上、下部叶子的小RNA表达模式进行了比较分析并预测了它们的靶基因。结果显示,在塔黄的上部叶子中与光合作用相关的miRNA表达上调,而与胁迫应答相关的miRNA表达下调。这些塔黄上、下部叶子中显著性差异表达的miRNA与其表型和叶片解剖学特征是非常吻合的,预示着塔黄通过miRNA水平的调控来适应高山环境。