随着国家经济蓬勃发展,基本建设工程项目与企业技术改造项目越来越多,加强建设项目结算审计显得尤为重要。竣工结算不仅是确定工程造价的重要阶段,也是建设项目竣工验收编制竣工决算和核定新增固定资产价值的依据。因此,强化对工程项目的结算审计是合理控制工程造价的一条行之有效的重要途径。本文研究的内容是工程项目竣工结算审计中存在的问题。采用实证分析与规范分析、定性分析与定量分析相结合的方法,构建一定的功能模块,针对目前我国工程项目审计的现状,将通过对杨庄河炼化项目竣工结算审计的研究,建立数学模型来分析工程结算审计中的问题和风险,总结和归纳出一些方法和技巧,可以加强对当前形势下我国工程审计的相关问题的认识。文章首先分析我国工程审计的现状,介绍我国工程竣工结算审计的理论知识,其次建立了竣工结算审计中建设单位与审计单位的博弈模型,以及建设单位、审计单位、施工单位三方主体的博弈模型,对竣工结算审计中审计单位与施工单位的审计合谋行为进行了详细的经济分析,在此基础上提出治理竣工结算审计中腐败行为的对策。并通过杨庄河炼化项目中的实际案例来分析以上的模型。最后,根据分析结果,从建设单位的角度出发,提出了应从规范合同、完善送审资料、提高审计人员素质、确定合理的薪酬制度、加强事中监督管理等方面来控制审计工作中存在的问题和风险。