本研究利用数值分类、BOXAIR-PCR指纹图谱、16S rDNA PCR-RFLP、16S rDNA和GSⅡ序列分析等方法,研究了分离自金沙江干热河谷区的86株胡枝子根瘤菌的多样性和系统发育,结果表明金沙江干热河谷区胡枝子根瘤菌蕴涵丰富的生物多样性。通过数值分类,金沙江干热河谷区的胡枝子根瘤菌在85.6%的相似性水平上分为6个群,其中大部分菌株(68.6%)属于Bradyrhizobium,供试未知菌株表现出极大的表型性状多样性。大多数供试未知菌株能耐高温(60℃)和低pH(4.0),在低温(10℃)或者高pH(9.0)条件下生长很差,耐盐性也很差。供试未知菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有15种遗传图谱类型,其中9种供试未知菌的16S rDNA遗传图谱类型不同于所选用的已知参比菌株。BOXAIR-PCR的分群结果分散,在82%的相似性水平上,所有供试未知菌株分为37个群,很多在16S rDNA PCR-RFLP分析具有相同的遗传类型以及数值分类中聚于同一表观群的菌株也有了较大差异,表明了供试菌株在基因组上差异很大。16S rDNA序列与GSⅡ序列分析结果表明:16S rDNA序列与GSⅡ序列分别构建的系统发育树在属水平上基本一致,6株代表菌株分布于Rhizobium、Sinorhizobium、Mesorhizobium、Bradyrhizobium四个属,但16S rDNA序列的同源性比GSⅡ高,6株代表菌株间16S rDNA序列的同源性在87.5%～99.5%之间,GSⅡ序列的同源性在79.4%～89.8%之间;而代表菌株与亲缘关系最近的参比菌株间的16S rDNA序列的同源性为99.9%～100%,GSⅡ的同源性为88.9%～99.6%。