番茄Dicer-like家族的表达分析以及SlDCL1的功能鉴定

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植物生长发育过程中会遇到各种逆境胁迫,植物会通过基因调控网络参与逆境胁迫的反应。其中,植物产生一种RNA干扰(RNAi)途径,来对包括胁迫反应在内的不同生命阶段的不同生物过程做出响应,来抑制某些目的基因表达或翻译。Dicer-like蛋白是RNAi途径不可缺少的参与者,Dicer-Like(DCL)蛋白通过将互补的双链RNA(ds RNA)生成小RNA双链体(21-24个核苷酸)来启动RNAi过程。植物Dicer-like protein(DCL)蛋白是一个保守的ds RNA特异性核糖核酸内切酶,属于RNaseⅢ家族,在RNA降解、转录后基因表达调控和抗逆、抗病毒侵染等方面具有重要作用。拟南芥中,缺失DCL1会导致胚胎致死。本研究中,使用基因编辑技术CRISPR/cas9对Sl DCL1进行编辑,获得了杂合体dcl1植株,其姐妹染色体的一条被成功编辑导致碱基缺失和添加从而影响编码蛋白的m RNA发生变化,对番茄植株产生影响。番茄中鉴定出7个DCLs,包括Sl DCL1,Sl DCL2s,Sl DCL3,Sl DCL4四个亚类。分析逆境下DCLs蛋白基因的变化,可以更好地理解RNAi途径在番茄抗逆途径中起到的作用。本试验的主要结果为:(1)利用q RT-PCR技术分析Sl DCLs的时空表达特性,发现Sl DCL1在各组织以及各发育阶段的果实都有表达,Sl DCL1在根、茎、叶和花中的表达量较低,在转色期与完熟期的果实中有很高的表达量;Sl DCL2a在9个组织与果实的4个发育时期中都有表达,Sl DCL2a在花柄中的表达量最高;Sl DCL2b在各组织中的表达量都较低,果实中Sl DCL2b的含量最高;Sl DCL2c在各组织以及各发育阶段的果实中都有表达,其中在茎,总花,绿熟期以及坚熟期的表达量最高;Sl DCL2d在各组织以及果实中的表达量都较低,根中的Sl DCL2d的表达量最高,其余位置的Sl DCL2d的表达量较低;Sl DCL3与Sl DCL4在各组织以及发育阶段的果实表达相似,在花的各个组织中的表达量较高。(2)对Sl DCLs基因启动子顺势作用元件分析,利用q RT-PCR验证番茄DCLs家族中7个基因在激素、低夜温、PEG及Na Cl胁迫下的表达。发现低夜温诱导Sl DCL1的表达,负调控Sl DCL2a与Sl DCL2d;盐胁迫诱导Sl DCL1,Sl DCL2c,Sl DCL2d和Sl DCL4受Na Cl的负调控;PEG可能抑制Sl DCL1与Sl DCL2d的转录水平,促进Sl DCL2a和Sl DCL4的表达;ABA处理诱导Sl DCL1表达量升高,Sl DCL2d受ABA的负调控;Sl DCL1受IAA的负调控,促进Sl DCL2b和Sl DCL4的表达;GA诱导Sl DCL2b的表达水平;ME-JA促进Sl DCL1与Sl DCL3的表达抑制Sl DCL2s表达;SA诱导Sl DCL3的表达。(3)使用CRISPR/cas9技术获得了Sl DCL1基因敲除的杂合突变体。本实验中,发现杂合植株营养生长变化明显,叶片变宽,锯齿不明显,植株长势矮,节间距离短;缺失Sl DCL1影响保卫细胞发育基因Sl SPCH以及Sl FAMA-like等基因导致保卫细胞显著增大,单位面积内的保卫细胞个数减少;气孔无法正常打开,经过研究发现ABA合成基因AAO的表达量增加,信号转导基因ABF4、ABI3及MYB1基因的表达量也有不同程度的升高;叶片的叶色深绿,缺失Sl DCL1基因的杂合体番茄的叶绿素a、b的含量变高;叶绿素合成基因HEMB1、CHLD表达水平显著增加,从而导致叶绿素含量增加。(4)通过对dcl1突变体以及野生型番茄AC进行转录组以及mi RNA的测序,发现突变体内存在mi RNA——靶m RNA的调控网络,对差异基因进行联合分析,发现sly-mi R167b-5p——ARF8、sly-mi R164a-5p——NAC、sly-mi R159——MYB44、sly-mi R396a-5p——BHLH36这些mi RNA靶基因变化明显,说明Sl DCL1会影响成熟mi RNA生成来调控番茄的生长发育。
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