目的:以水牛瘤胃纤毛虫18S rRNA保守区基因序列为研究对象,采用聚合酶链式反应(PCR)技术和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析水牛瘤胃纤毛虫种群的遗传多样性。方法:1、利用蛋白酶K法对水牛瘤胃微生物总DNA基因进行有效地提取。2、对水牛瘤胃纤毛虫18S rRNA基因PCR扩增方法的比较与优化。由于需要采用特殊的带有“GC夹”结构的引物,所以分别采用常规PCR及降落式PCR对水牛瘤胃纤毛虫18S rRNA基因进行扩增,并用复原条件PCR去除原PCR产物中的异源双链和单链DNA分子。3、通过变性梯度凝胶电泳技术对扩增的水牛瘤胃纤毛虫18S rRNA基因进行分离,分析水牛瘤胃纤毛虫种群的遗传多样性。结果:1、利用蛋白酶K消化液消化的方法对水牛瘤胃总微生物细胞进行裂解消化,可以有效地提取水牛瘤胃微生物总DNA。2、对于引物含有“GC夹”的PCR扩增,降落式PCR提高了扩增反应的特异性和扩增产物的得率,降低了错配现象的产生;通过复原条件PCR对降落式PCR扩增产物进行进一步地扩增,去除降落式PCR扩增产物中的异源双链和单链DNA分子,保证后续变性梯度凝胶电泳技术分离与分析的准确性。3、通过变性梯度凝胶电泳技术分离水牛瘤胃纤毛虫发现瘤胃纤毛虫种群复杂多样,但没有明显的宿主特异性。经同源性分析和系统发育树分析,所测定的纤毛虫18S rRNA序列之间的同源性在90%以上,与数据库中同源性最高的瘤胃纤毛虫18S rRNA克隆体的同源性在97%-100%之间。其中1条与Epidinium caudatum的同源性高达99.6%,其余均来自未培养或未被鉴定瘤胃纤毛虫。