《牟子理惑论》的文献史料记载十分有限,主要零星记录在古代少数典籍中。古今中外学者对《牟子理惑论》的研究范围也受到局限,所以今天我们也只能在既定的框架内了解《牟子理惑论》的思想。然而,这些有限的资料和前人研究的成果无疑都为本文的研究提供了宝贵的参考价值。陈寅恪先生曾云：“吾人今日可依据之材料,仅为当时所遗存最小之一部分；欲藉此残余断片,以窥测其全部结构,必须备艺术家欣赏古代绘画雕刻之眼光及精神,然后古人立说之用意与对象,始可以真了解。所谓真了解者,必神游冥想,与立说之古人,处于同一境界,而对于其持论所以不得不如是之苦心孤诣,表一种之同情,始能批评其学说之是非得失,而无隔阂肤廓之论。”①此话对于本文来说是非常适用的。两汉之际,《牟子理惑论》是最早体现佛教初传中国时,与中国传统文化产生冲突、融合的历史著作。②本文主要通过研究《牟子理惑论》的佛陀观、人生观和修行观等佛学思想,同时比较、分析佛教初传时在中国本土主流文化领域,与儒、道两家思想的异同之处,力图阐释两汉时期佛教与儒、道两家思想的不协调的内容以及佛教是如何调和其与儒、道两家思想的矛盾,从而论证儒、释、道三教思想最终达成合流,共同组成中国传统文化的有机部分。本文分为五个部分,主要根据《牟子理惑论》一书中的原文对话,剖析其所反映的佛学思想,力图多角度地论述佛教入华之时与中国主要传统文化——儒、道两家之间的分歧和相同之处,以及儒、释、道三教关系发展的特征。第一章是全文论述的一个基础,主要是牟子与《牟子理惑论》的关系研究,讨论了学术界的各方学者对《牟子理惑论》的真伪问题的观点与态度,介绍了牟子和《牟子理惑论》产生的时代背景和主要内容。第二章是《牟子理惑论》佛学思想研究,主要研究了《牟子理惑论》中所表现的的佛陀观和佛法观,介绍了《牟子理惑论》是如何表述佛的来历和佛的形象,如何理解佛的概念的有关内容；以及阐释与比较了《牟子理惑论》的佛法观与早期佛教基本教义之间的内在联系。第三章是《牟子理惑论》的人生观研究,主要讨论了该书中所反映的因果报应学说、灵魂不灭学说以及佛教的修行观。第四章是《牟子理惑论》与儒道关系的研究,分别讨论了《牟子理惑论》与儒家文化的关系,诸如佛教与儒家圣贤观的关系,佛教与儒家仁孝观的关系,佛教与儒家礼仪观的关系,夷夏之辩等问题；还有《牟子理惑论》与道家的关系,诸如《牟子理惑论》援道入佛,崇尚老子学说,以及对原始道教思想的批判。第五章是《牟子理惑论》的意义与其对后世儒、释、道三教关系的影响,主要总结了《牟子理惑论》的意义与后世的影响,集中表现在《牟子理惑论》对儒佛融合提供了途径、为佛道之争埋下了伏笔、为玄佛合流提供了可借鉴的模式等三个方面的作用。