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本研究中在广泛收集国内外151支灵芝属菌株和3支非灵芝属菌株的基础上，通过形态学观察、拮抗试验、RAPD和ERIC-PCR的分析，对灵芝各菌株间的亲缘关系进行了系统的研究。 形态学方面，将收集到的菌株进行了栽培，获得133个子实体，通过形态学对这些子实体进行了鉴定和分类，发现G0028是瓣状褐腐干酪菌Oligoporus guttulatyus(Pk．)Gilbn．et．Ryv．，其它的被分为9种：Ganoderma lucidum(中国类型)，共109株；G．sinense(盖缘薄孢子近光滑类型)，共5株；G．tsugae，(中国类型)，共3株；G．tenue共1株；G．resinaceium，共5株；G．subamboinense，共2株；G．sp(1)，共3株：G．oerstedii，共1株；G．applantum，共2株；G．sp(2)，共1株。 通过拮抗试验，将151个菌株分为28组； 通过RAPD分析，发现(1)在较低(0.610)的相似性水平上，所有菌株聚为4类，这和经典分类学的结论也是一致的；(2)当相似性水平达到0.670时，来自加拿大和美国等地区的G．lucidum菌株和从中国收集的菌株被区分分开来，这说明它们具有较高的遗传差异，而这种遗传差异性可能是由地域差异引起的；(3)在较高(0.800)的相似性水平上，国内收集的菌株聚成25类，与拮抗实验的结果基本吻合； 通过ERIC-PCR分析，发现(1)在较低(0.670)的相似性水平上，所有菌株聚成4类，这和经典分类学的结论是一致的；同时发现来自中国的G0104和和来自印度的G0128的亲缘关系较近，与来自美国和加拿大等地区菌株(G0124，G0125，G0126和G0129)则较远，而这种特性可能是由地域分布差异引起的；(2)当相似性水平达到0.800时，国内菌株25类，这与拮抗实验的结果也基本吻合。 结合实验结果，还分析了引起灵芝分类领域混乱状况的部分原因以及不同方法对判断灵芝种质资源遗传多样性的可靠性和稳定性的问题。 本研究首次明确了中国栽培灵芝菌种的亲缘关系及其与国外灵芝菌株之间的遗传差异性，为以后在生产中控制灵芝品质、产品的质量和进行药理学研究打下了坚实的基础。