在当前的知识经济时代,企业研发投入(Research& Development)是决定企业是否具有竞争优势的关键因素。本文从研究企业财务绩效基础理论入手,将财务绩效分为偿债能力、营运能力、盈利能力和发展趋势,分析并选取了衡量财务绩效的四个因素。从理论上分析了企业R&D投入对财务绩效的影响,提出假设,建立多元线性回归方程模型,以披露研发信息的信息软件业和制造业上市公司为样本,利用SAS统计软件,对样本进行回归分析,考察不同行业的R&D投入对其企业财务绩效的影响。实证研究发现:R&D投入在两个行业企业的长期发展中对财务绩效有重要影响;研发投入与两个行业企业的偿债能力并不明显;在营运能力和盈利能力方面,研发投入对信息软件业企业的影响更为显著;在发展趋势方面,研发投入对这两个行业企业的长远发展均有推动作用。因此,政府应加快完善市场机制和企业管理机制,企业应加大研发投资力度,提高竞争力。