由于“马恩关系”的判断以及其它原因的影响,导致理论界在一定程度上忽视了对恩格斯思想理论的研究,特别是对恩格斯社会科学的系统研究和反思。随着马克思主义社会科学研究的发展,有必要对马克思主义理论的创始人恩格斯的社会科学从本体论、方法论和价值论上面进行深入的反思。恩格斯的社会科学研究是建立在社会存在本体论之上的。社会存在是实践中政治、经济和思维等诸因素相互作用的结果。它是一个立足于结构系统之上的矛盾的有机统一体。它与自然存在存在统一性同时又体现其主体性。由于本体论上的特点也决定了恩格斯社会科学研究上的整体主义方法,其内涵就是将社会存在看做一个有机联系的整体,在这个整体中,各个单元、要素、部分或层次都是相互作用的,任何单元、要素、部分或层次都不能离开它者而单独存在或运行,同时任何单元、要素、部分或层次都不能作为社会存在形成、变化、发展的“唯一”决定因素,它们必然会受到其他方面的影响。在整体主义方法之下有三个具体方法即:阶级分析法、矛盾的方法和系统的方法。由于恩格斯社会科学研究中社会存在本体论和方法论上的整体主义的特点,从而决定了恩格斯在社会科学研究中坚持了事实和价值的相互渗透,事实研究中必然体现价值。这种价值在恩格斯社会科学研究中则体现在其社会科学的革命性和解放的使命之上。总体来讲恩格斯的社会科学研究凸显了两大特点:一,批判性;二,辩证统一性。恩格斯的社会科学是批判的社会科学和辩证统一的社会科学。