随着经济社会的发展,人类活动对自然界的影响程度越来越大,由此带来了物种栖息地破坏、生物多样性减少、环境污染、生态功能退化等严重的生态环境问题,且这些问题已经威胁到人类的生存与进一步的发展。大量的理论研究与实践表明,建立自然保护区是进行生物多样性保护和生态服务功能恢复最重要也是最有效的措施之一。但同时,保护区的建立对当地的居民、企业乃至整个地区的发展都产生了影响。这种影响对保护区内及周边居民尤为明显：由于保护区内的资源开采受限或被完全禁止,他们不得不改变甚至放弃传统的生活和生产方式；为了更好地保护生态环境,有些居民还不得不迁出他们祖祖辈辈生活过的土地。保护区居民为自然保护区的生态环境保护做出了牺牲,保护区由于他们的行为而为公众提供了更优质的生态服务,因此生态服务的受益者们应该对他们进行补偿,这不仅是顺利开展保护区管理工作的需要,也是公平理念的体现。然而我国系统、完整的自然保护区生态补偿制度尚未建立,实践中普遍存在着主体不清、标准不明、方式单一、资金不足等问题,构建合理有效的保护区生态补偿制度体系已经迫在眉睫。本文分四个部分对我国自然保护区生态补偿制度的相关理论和实践问题进行了探讨,其中前两部分有“提出问题”的作用,也为论文第三部分的“分析问题”和第四部分的“解决问题”奠定了理论基础。第一部分对自然保护区生态补偿的概念进行了界定,即解决“什么是自然保护区生态补偿”的问题。本章先列举了不同学科对生态补偿的几种表述,通过从中排除不应属于生态补偿的内容,得出生态补偿的定义。然后笔者通过几个相近概念的区分,界定了自然保护区的范围。最后将“生态补偿”与“自然保护区”结合起来,给出自然保护区生态补偿的定义,并分析了其特征。第二部分论述了自然保护区生态补偿制度的理论基础,主要解决“为什么要构建自然保护区生态补偿制度”的问题,并为之后具体的制度设计提供理论支持。这一部分运用生态学、经济学、法学的方法对生态补偿制度进行分析,突出了保护区生态补偿的法学理论基础,即将环境正义理论和环境权理论应用于自然保护区生态补偿的理论研究中,特别指出保护区居民获得生态补偿的原因是他们天然享有以基于生存所需的利用环境与自然资源权利为内容的环境权。第三部分论述了我国自然保护区生态补偿制度的实践现状,得出我国目前尚未建立起系统、完整的自然保护区生态补偿制度的结论,指出目前保护区生态补偿在补偿与受偿主体、补偿方式、补偿标准、补偿资金融通、立法体系五个方面存在缺陷。第四部分则针对上述缺陷,从立法模式的选择、基本原则的确立、基本法律制度的建立、资金融通机制的完善四个方面进行论述,以期构建起我国的自然保护区生态补偿制度。