传统的商业方法因为其属于智力活动的规则而被排除于专利保护的制度之外，随着电子商务的发展，电子商务商业方法是否给予专利保护，也成为热门话题，在美国、日本和欧盟等专利大国间开始了一场激战。经过几年的论战和实践，欧洲已经转变立场，日本在规范上日益完善，美国则已经在商业方法软件专利的保护上遥遥领先。目前三国在专利的适格性上已无本质分歧，在专利的“三性”审查标准把握上尺度还不同，但已经努力在寻求共同的标准。产生于电子商务中的商业方法软件问题，相对来说还是一个比较新兴的领域，我国电子商务的发展完全有一机会赶上西方发达国家。但是，而对美、日、欧咄咄逼人的商业方法软件专利热潮，我国各界“漠然"的态度有一些令人担忧。我国目前主要只是依赖著作权和商业秘密模式来保护商业方法软件，这不仅与商业方法软件本身的性质不符，而在美、日、欧的巨大竞争而前，不利于促进我国自主知识产权创新，不利于我国电子商务的发展。所以，我国应该尽快修订专利法律制度，明确把商业方法软件纳入专利保护范围，通过法律建立和完善商业方法软件专利保护机制，才能自主地发展我国的电子商务，使我国在世界经济之林中立于不败之地。本文在研读相关资料著作的基础上，对电子商务商业方法专利问题进行了研究。本文共分四个部分进行了阐述，在第一个部分本文通过与相关概念进行比对，分析了什么是电子商务的商业方法软件专利，并且介绍了电子商务商业方法进行专利保护的除外阶段，起源，发以及美、日、欧等专利大国对商业方法软件专利保护的现状及趋势。第二部分从商业方法软件三种保护模式，著作权保护，商业秘密保护，专利保护的利弊进行了全面的分析，并找出电子商务商业方法进行专利保护的深层次原因。第三部分对电子商务商业方法的可专利性进行了分析，指出了美、日、欧三国在商业方法软件专利审查上的趋同和差异。第四部分则是通过对我国建立商业方法软件专利保护机制的必要性、可行性的分析，通过一些建议呼吁尽快建立我国的商业方法软件专利保护机制。