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鸭吸虫病是一类对鸭危害较严重的寄生虫病。目前对鸭吸虫的研究多数集中在形态学、流行病学、病原诊断及综合防治等方面,关于其分子生物学方面的基础研究相对较少。因此本研究拟对鸭体内宫川棘口吸虫(Echinostoma miyagawai)、舟形嗜气管吸虫(Tracheophilus cymbius)和鸭对体吸虫(Amphimerus anatis)三种吸虫的线粒体全基因组序列进行扩增及进化分析,探讨三种吸虫与其他吸虫的亲缘关系及分类地位。利用PCR方法分别扩增三种吸虫的线粒体全基因组序列,以线粒体串联的12个蛋白质编码基因氨基酸序列为基因标记,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)及贝叶斯法(BI)构建系统发生树,探讨实验中三种吸虫与其它相关吸虫的亲缘关系。结果显示宫川棘口吸虫、舟形嗜气管吸虫和鸭对体吸虫线粒体全基因组全长分别为14 416 bp、13 733bp和14 588 bp;每个线粒体基因组都含有36个基因,包括12个蛋白质编码基因、22个tRNA序列和2个rRNA序列,所有基因均在同一条链上且转录方向相同。宫川棘口吸虫和舟形嗜气管吸虫有1个非编码区,鸭对体吸虫有2个非编码区;宫川棘口吸虫、舟形嗜气管吸虫和鸭对体吸虫线粒体全基因组AT含量分别为65.29%、62.80%和59.80%;比较发现宫川棘口吸虫与卡普罗尼棘口吸虫(Echinostoma caproni)同源性最高(88.5%),舟形嗜气管吸虫与日本棘隙吸虫(Echinochasmus japonicus)的同源性最高(76.4%),鸭对体吸虫与猫后睾吸虫(Opisthorchis felineus)和东方次睾吸虫(Metorchis orientalis)同源性分析最高(83.6%)。进化结果显示,每一目形成一个独立分支;除圆圃棘口吸虫外,每一科又形成一个单独分支。宫川棘口吸虫(棘口科)、舟形嗜气管吸虫(环肠科)和片形科吸虫聚集到了棘口目的大分支中,其中宫川棘口吸虫与棘口属(除了圆圃棘口吸虫外)聚集在一个小分支中,圆圃棘口吸虫与片形科吸虫聚集到一个小分支中,据此可以推测棘口科应是复系;鸭对体吸虫与其它后睾科吸虫聚集到了一个小分支上,与传统的形态学分类一致。宫川棘口吸虫与舟形嗜气管吸虫的亲缘关系较鸭对体吸虫近。本研究首次获得了宫川棘口吸虫、舟形嗜气管吸虫和鸭对体吸虫的线粒体全基因组序列,不仅对吸虫线粒体基因组库数据进行了补充,也为三种吸虫的遗传变异、分子分类及进化研究奠定了基础。