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背景:肺癌和慢性阻塞性肺病(COPD)是常见的呼吸系统疾病,研究表明COPD是肺癌常见的危险因素,同时合并COPD的肺癌患者预后较未合并者差。但现在极少研究涉及COPD对肺癌患者肺部微生态的影响。此外,从不吸烟者肺癌特别是女性从不吸烟者肺癌被认为是一类独立的疾病,但目前极少研究关注该人群的肺部微生态特点。目的:比较合并与未合并COPD的肺癌患者肺部菌群构成差异;探索COPD是否影响肺腺癌与肺鳞癌之间的菌群构成差异;探索COPD是否影响发生与未发生远处转移的肺癌菌群构成差异;探索女性从不吸烟者肺癌肺部菌群构成的特点。方法:我们收集了 40个首诊为肺癌的支气管冲洗液(BWF)样本,96个首诊为肺癌和5个良性病变的自发痰液标本,使用16S rRNA技术对样本菌群的V3-V4区测序,采用生物信息学及统计学方法,比较目标组间的菌群差异。结果:合并COPD的肺癌(WC)患者BWF菌群多样性高于未合并COPD的肺癌(NC)患者,而在痰液组中无显著性差异,与NC患者相比,WC患者BWF 中Haemophilus(嗜血杆菌属)、Oribacterium、Bulleidia(布雷德菌属)、Abiotrophia(营养缺陷菌属)、Atopobium(奇异菌属)、Granulicatella(颗粒链菌属)的相对丰度显著更高,而在痰液中WC患者Olsenella(欧氏菌属)、Scardovia(斯卡多维氏菌属)菌群相对丰度显著增高,Capnocytophaga(二氧化碳噬纤维菌属)相对丰度显著降低;在合并COPD的男性吸烟者肺癌中,与肺腺癌(AD_WC)相比,肺鳞癌(SCC_WC)痰液中Eubacterium(优杆菌属)相对丰度显著升高,而在未合并COPD的男性吸烟者肺癌中,与肺腺癌(AD-NC)相比,肺鳞癌(SCC-NC)痰液中Cryptobacterium(短小杆菌属)相对丰度显著升高,Campylobacter(弯曲菌属)相对丰度显著降低。在合并COPD的男性吸烟者肺癌中,与未发生远处转移的肺癌(M0-WC)相比,发生远处转移的肺癌(M1-WC)痰液中Gemella(孪生球菌属)相对丰度显著升高;而在未合并COPD的男性吸烟者肺癌中,与未发生远处转移的肺癌(M0-NC)相比,发生远处转移的肺癌(M1-NC)痰液中Aquifcae(产水菌门)、Hydrogenobaculum菌属相对丰度显著降低;与男性从不吸烟者肺癌(MN)相比,女性从不吸烟者肺癌(FN)患者BWF中Oribacterium菌属、Peptococcus(消化球菌属)、Actinobacillus(放线杆菌属)、Pseudoramibacter_Eubacterium(假支杆菌属_优杆菌属)相对丰度显著升高,Novosphingobium(新鞘脂菌属)显著降低。FN和男性吸烟者肺癌(MS)痰液菌群多样性均高于MN,且二者菌群多样性无明显差异,提示FN和MS菌群多样性相似。与良性病变(BN)相比,FN痰液中Dichelobacter(腐蹄杆菌属)、Chryseobacterium(金黄杆菌属)相对丰度显著升高,Haemophilus(嗜血杆菌属)、Aggregatibacter(伴放线聚生杆菌属)相对丰度显著降低;和良性病变相比,MS痰液中Dichelobacter(腐蹄杆菌属)相对丰度显著升高,Haemophilus(嗜血杆菌属)、Aggregatibacter(伴放线聚生杆菌属)相对丰度显著降低,FN和BN之间、MS和BN之间痰液中有3/4相同差异菌属,提示FN和MS的肺部菌群构成特点可能相似。结论:COPD可能影响肺癌患者肺部菌群构成,进一步研究发现不同病理类型之间及是否发生远处转移之间菌群构成差异也与是否合并COPD相关。从不吸烟者肺癌肺部菌群构成特点存在性别差异,女性从不吸烟者肺癌和男性吸烟者肺癌肺部菌群构成可能相似。