随着海上事务与海洋国土在我国的战略和经济地位中的提升,国家更为重视海洋监管的有效性和战略性,其中对于司法系统的完善有着更加深刻的要求。海洋资源和海洋管辖问题,成为日益影响国家安定重要的因素之一,对于立法完善的需求越来越紧迫。党的十八大以来,国家深入推进机构改革和职能转变,重新组建了国家海洋局,并成立中国海警局,将原来海上执法领域“九龙治海”化零为整,形成合力。中国共产党十九届三中全会审议通过《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》(以下简称“《党中央机构改革决定》”),下发党中央制定的《深化党和国家机构改革方案》(以下简称“《机构改革方案》”),将海警这支队伍转隶武警部队。将国务院国家海洋局所领导指挥的海警队伍(中国海警)及相关职能全部划给中国人民武装警察部队。但从近年来中国海警开展海上刑事侦查的实际运作来看,仍然存在着管辖依据缺失、职责不明、管辖领域过窄的问题。同时,我国行政体制中仍有相当一部分单位从事着涉海刑事侦查领域的工作,各部门职能重复,管辖不清、地域叠加。特别是近年来在我国南海、钓鱼岛附近海域,周边及别有用心的国家借助民间行为不断挑衅我国主权,维护我国海洋权益在当下尤为重要,急需完善一套行之有效地海上刑事侦查法律规范和协调机制,来满足我国日益增加的海上维权执法的需要。本文基于海警部队在海上刑事侦查的实际,通过对目前海警开展刑事侦查的现状和职能,分析当前海警行使刑事侦查权中的特殊性以及发展趋势。在认清当前行使刑事侦查权的背景下,认为我国目前的涉海刑事侦查的体制主要是以海警部门行使侦查权为主的,司法结构也相对简单。而纵观目前的执法和涉海案件的刑侦工作以及行使侦查权的困境主要集中体现在海警刑侦主体资格不够明确,部门之间协调不足,以及概念混淆,管辖叠加,权责叠加失效,未明确紧追权、登临权等问题。因此,我国需要明确涉海案件刑事侦查权责,划分权责归属,建立以海警部队为专门的海上刑事执法机构的相关立法和执法细则,才能够解决涉海刑事侦查的困境。由此,本文提出相关部门应该积极借鉴发达国家经验,通过建立与海警队伍相统一的刑事侦查机制,明确紧追权、登临权,建立统一的涉海刑事侦查部门协商机制,健全行政部门与海警部门案件移送的方式,完善海警部门与司法机关侦查起诉移送方式等方面,解决涉海刑事司法衔接的困境,完善涉海侦查主体权限的划分,逐步推进科学立法并不断深化司法体制综合配套改革,从而达到加快建设海洋强国的目的。