二十一世纪是生命科学的世纪,近年来生物信息学得到了前所未有的发展。生物信息二级数据库是生物信息学中的一个重要研究方向,由于生物信息数据的复杂性及其分析应用的复杂性,至今没有一种比较通用的构建模型能够满足一般性生物信息二级数据库系统的开发需要。面对生物信息领域倡导的分布式计算及共享式开发的要求,采用Web服务技术和分层的思路,给出了一个通用的生物信息二级数据库系统构建模型WSMLFM,其主导思路是:对普通的三层构架进行了基于Web服务的扩充且各层之间相互独立;用Web服务来包装本地应用及应用背后的数据信息使其成为可共享组件;专门设定一个服务复合层来处理Web服务(无论来自本地或Internet)的整合,以支持更复杂的业务流程;针对异构数据的集成和数据格式的转换,由数据处理层提供给数据管理员和上层应用以不同的操作视图。数据处理层、服务层、服务复合层是WSMLFM达到通用的关键。数据处理层采用了一个以数据仓库方法为主、虚拟本地数据库方法为辅的基于XML的框架;对于目前相同(或相近)功能的生物信息Web服务提供不同服务接口以致严重制约系统开发水平的状况,在传统的Web服务三角色体系结构的基础上增加一个角色——服务接口提供者(SIP)来管理服务的接口规范,并由WSDL和UDDI配合实现服务实现和接口的分离,从而建立基于统一接口的生物信息Web服务。基于上述思想,服务层在四角色体系结构下封装Web服务;服务复合层将Web服务与业务流程结合起来,并用BPEL4WS语言来描述。WSMLFM的实施在国家863项目——硒蛋白相关生物信息二级数据库系统的构建中得到了体现。