水稻细菌性条斑病菌Tn5突变体的表型筛选与突变位点定位

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水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pathovar oryzicola,Xoc)引起的水稻细条病对广西部分地区水稻产量造成影响。随着水稻与Xoc菲律宾代表菌株BLS256相继测序成功,Xoc—水稻的互作已成为研究病原菌—植物互作的模式之一。广西菌株GX01的测序也基本完成,如此丰富的静态碱基序列信息正等待着我们从中挖掘动态的病原菌生物学功能。突变体库是功能基因组学研究的基础,转座子可移动及可体外驱动转座的特点被广泛应用于介导插入突变体库的构建,逐渐成为一个研究黄单胞菌的强大工具。本研究以广西菌株Xoc GX01作为建库出发菌株,利用EZ-Tn5TM <R6Kyori/KAN-2>转座子介导的方法构建了Tn5插入突变体库。第一次电转化共保存2965个单克隆的转化子,并对这一批转化子的胞外多糖、胞外蛋白酶、游动性、生物膜等表型进行检测。目前已完成的2200个突变体表型筛选中,我们筛选到胞外多糖分泌能力增强的突变体26个,胞外多糖分泌能力减弱的突变体31个,胞外蛋白酶活性增强的突变体77个,胞外蛋白酶活性减弱的突变体16个,游动性增强的突变体61个,游动性减弱的突变体507个,并发现出现生物膜现象的突变体67个。为了验证确实有转座子的插入,我们从突变体库中随机选取了17个突变体,提取它们的总DNA,用鉴定引物PCR验证,均能扩增出568bp的目的产物,证明这些转化子均有Tn5插入,假阳性率低。并利用质粒拯救的方法进一步获取其转座子的侧翼序列,与XocGX01全基因组进行本地序列比对(BLAST),相似性百分比在97%以上,侧翼序列的真实性比较高,是一种相对高效的定位方法。同时,我们从筛库过程中选取表型变化相对明显的突变体BH90和BA87进行致病力检测,它们的致病力均有不同程度的下降,其定位信息分别为XOC2200和XOC2216。为进一步研究这两个基因的功能,同时构建了XOC2200和XOC2216的缺失突变体及其互补菌株。XOC2200的编码产物为Transcriptional regulator,flagellar regulatory protein A; XOC2216的编码产物为flagellar biosynthesis hook protein。其中Tn5插入突变体BH90及XOC2200的缺失突变体胞外多糖及游动性显著提高,互补菌株表型基本能够恢复到野生型状态,推测XOC2200可能反向调控胞外多糖的合成及Xoc的游动性。Tn5插入突变体BA87及XOC2216的缺失突变体胞外蛋白酶活性有所增加,游动性下降,推测XOC2216可能影响Xoc的胞外蛋白酶活性及游动性。
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