随着基因组被完全测序的物种数量的飞速增长,基因组比对成为新的发展趋势,基于后缀树查找最大唯一匹配的方法是进行基因组比对时普遍采用的方法。虽然其采用的基于后缀树的构造以及查找最大唯一匹配的算法的时间和空间复杂度都是线性的,但是空间花费较大。此外,用于合并局部空缺的Smith-Waterman算法在空缺数量较多时,计算庞大的得分矩阵是Smith-Waterman算法的瓶颈所在。本文针对这两方面问题进行研究,首先使用后缀数组代替后缀树进行两个基因组间最大唯一匹配的查找,基于后缀树方法中大量使用后缀链进行最大唯一匹配的搜索,而后缀数组中无需使用后缀链,进而有效地降低了空间复杂度。此外,通过引入多线程的思想实现合并局部空缺中得分矩阵的并行计算,处理器不停地选取得分矩阵中未计算的元素进行计算,提高了对CPU的利用率,加快了计算速度,缩短了合并空缺的时间。