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口虾蛄（Oratosqilla oratoria）隶属于节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、口足目（Stomatopoda）、虾蛄科（Squilidae）、口虾蛄属（Oratosquilla），在中国近海区域分布较为广泛，是一种具有较高经济价值的甲壳类。但近年来随着过度捕捞及环境恶化等因素的影响，造成了口虾蛄资源的严重衰退，其资源量也在逐年减少，资源状况不容乐观，所以对口虾蛄的资源保护必须加以重视。 本文以西太平洋海域的口虾蛄为研究对象，广泛采集口虾蛄群体样品，利用线粒体DNA控制区和转录组测序对口虾蛄种群间的遗传结构和群体间的相关变异进行了较为系统的分析和研究，揭示口虾蛄现有种群结构以及不同地理群体的适应进化，为口虾蛄种质资源学的研究奠定基础，为我国口虾蛄资源的渔业管理提供了基础数据。 一、为了检验长江冲淡水形成的物理屏障对口虾蛄遗传多样性产生的影响以及研究口虾蛄群体内部精确的遗传结构，采用线粒体DNA控制区对黄渤海，东海，南海以及日本海域的口虾蛄进行了遗传结构分析。对13个地理群体的口虾蛄共309个个体进行序列分析，共定义了308个单倍型，平均单倍型多样度为1.0000±0.0003，平均核苷酸多样度为0.1720±0.0817；单倍型邻接树显示口虾蛄分为两个明显的谱系分支，这两个分支在中国近海群体中并不重叠，以长江口为界分为南北两个群体，但在日本群体中两个支系同时存在；AMOVA分析和FsT值分析结果表明口虾蛄三个群体（北方群体、南方群体和日本群体）间的遗传分化较高，但是种群内部并没有较为明显的遗传分化；中性检验结果和核苷酸不配对分布结果均表明口虾蛄历史上经历过群体扩张事件。本研究分析了4个不同海域的13个地理群体的口虾蛄的遗传结构及遗传多样性，为保护和合理利用口虾蛄资源以及对口虾蛄资源的管理提供了有效的分子生物学依据。 二、为进一步阐明口虾蛄群体的遗传变异，采用第二代测序（RNA-seq）技术对口虾蛄进行转录组的测序、组装和功能分析，比较不同群体间转录组差异。本研究采集了青岛和舟山的口虾蛄样品，利用IlluminaHiSeq?2000技术对口虾蛄进行转录组测序和分析，两个群体的口虾蛄经高通量测序后获得的转录组数据组装拼接后，共获得60,223条Unigene，平均长度为897 nt，青岛群体获得121,606条Unigene，舟山群体获得157,584条Unigene。共有41,373条Unigene比对到Nr，KEGG，COG，GO等数据库中，比对数目分别是Nr（34,930条）、KEGG（26,052条）、COG（15,746条）和GO（8,990条）。其中Nr比对率最高的物种是加州双斑蛸（Octopus bimaculoides）和内华达古白蚁（Zootermopsis nevadensis）。两个群体口虾蛄的差异表达基因为11391个。其中上调基因为6477个，下调基因为4914个。对差异表达基因进行GO功能分析和Pathway富集分析，得到61个不同的GO功能分类和257个代谢通路。其中包含2个GO功能显著性富集分类和40个显著性富集代谢通路。GO显著富集表现在氧化还原酶活性和酰基Coa脱氢酶活性两个生物功能，显著性富集代谢通路主要表现在生理生化代谢途径和信号传导途径。对两个群体口虾蛄的转录组数据分别进行SNP分析。在青岛群体的口虾蛄中检测出个95810个SNP多态位点，转换位点有59749个，颠换位点有36061个；舟山群体的口虾蛄共检测出100598个多态位点，转换位点有65178个，颠换位点有35420个。 三、本文采用高通量测序技术获得的口虾蛄转录组测序数据，筛选具有多态性的SSR标记。共获得67,657个微卫星位点，其中双碱基重复和三碱基重复的SSR较多，分别有30,235个和17,590个，占总数的44.69%和26%。共获得230种重复类型，在双碱基重复的SSR中，重复类型最多的是AC/GT重复（14064）。在三碱基重复的SSR中，重复的优势类型是AGG/CCT重复（5344）。从中挑选双碱基重复次数在10次以上，三碱基重复次数在7次以上，四碱基重复次数在6次以上，五碱基和六碱基重复次数在5次以上的微卫星引物共50对进行合成。用北海24个口虾蛄样品进行验证，获得条带清晰和多态性好的引物6对，进一步进行口虾蛄遗传多样性的研究。 本研究基于线粒体DNA控制区和转录组对口虾蛄不同群体间的遗传结构和遗传变异进行了探究。控制区结果将口虾蛄划分为三个群体（北方群体、南方群体和日本群体），群体间的遗传分化明显，但群体内部的遗传分化并不显著，也没有明显的遗传结构存在，可以将3个群体划分为三个管理单元进行渔业资源管理。转录组测序结果表明青岛群体口虾蛄和舟山群体口虾蛄南北两个种群在表达量上存在较大的差异，这可能是由于口虾蛄长期对环境适应性的不同引起的，需要对其进行下一步的研究。