基于网络药理学和代谢组学探讨大豆苷元抑制非小细胞肺癌的分子机制

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目的:基于网络药理学和代谢组学技术,分析大豆苷元(Daidzein,DD)对非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)组织中代谢物及其代谢通路的影响,从分子水平探讨DD抑制NSCLC的潜在机制,为NSCLC人群的豆类食品膳食指导提供分子理论依据。方法:(1)首先,运用网络药理学方法,通过Pharm Mapper和Swiss Target Prediction数据库筛选DD作用靶点,通过Gene Cards和OMIM数据库筛选NSCLC治疗靶点。利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1对DD与NSCLC的共同靶点进行网络可视化和蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)分析。此外,使用R软件对交集靶点进行GO分析和KEGG通路分析。(2)对课题组前期DD药效学预实验的裸鼠NSCLC组织进行预处理,随后利用基于超高效液相色谱串联质谱(Ultra performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry,UPLC-MS/MS)的广泛靶向代谢组学技术分析探讨DD对NSCLC组织中代谢物的影响。根据VIP≥1,|log2FC|≥1,p<0.05三重标准筛选生理盐水(Normal saline,NS)组和DD组之间的差异小分子代谢物,并对其进行KEGG富集分析。(3)综合网络药理学和代谢组学KEGG分析结果,找出DD抑制NSCLC的关键代谢通路。随后,对课题组前期DD药效学正式实验的裸鼠NSCLC组织进行预处理,并使用基于多反应监测(Multiple reaction monitoring,MRM)的靶向代谢组学技术、实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qRT-PCR)分别测定该通路中关键代谢物含量及关键代谢酶mRNA表达水平,进一步深入探讨DD抑制NSCLC的分子机制。结果:(1)网络药理学分析获得280个DD作用靶点和1655个NSCLC靶点,二者交集靶点共120个。通过构建PPI网络与拓扑分析,挑选出Akt1、Mapk14、Src、H-ras、Ppar-γ等核心靶点。此外,交集靶点主要在脂质和动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路和瞬时受体电位(Transient receptor potential,TRP)通道的炎性介质调节等KEGG通路中富集。(2)广泛靶向代谢组学分析发现,在正交偏最小二乘判别分析(Orthogonal partial least squares-discrimination analysis,OPLS-DA)模型中,NS组与DD组之间明显分离,不存在过拟合现象。共筛选出337个组间差异代谢物。富集分析和代谢通路分析结果显示,差异代谢物主要在TRP通道的炎性介质调节、亚油酸代谢、花生四烯酸代谢等通路中富集。(3)综合网络药理学和代谢组学KEGG分析结果,提示DD可能通过调控TRP通道的炎性介质调节代谢通路中的12/15-脂氧合酶(12/15-lipoxygenase,12/15-LOX)代谢途径抑制NSCLC。该途径中的关键代谢物含量测定结果显示,DD作用后,NSCLC组织中15-羟基二十碳四烯酸(15-hydroxyeicosatetraenoic acid,15-HETE)和13-羟基十八碳二烯酸(13-hydroxyoctadecadienoic acid,13-HODE)含量升高。qRT-PCR分析结果显示,DD使组织中12/15-LOX和过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(Peroxisome proliferator-activated receptor-γ,PPAR-γ)mRNA表达上调。这表明DD抑制NSCLC可能涉及调控12/15-LOX和PPAR-γmRNA的表达以及15-HETE和13-HODE的合成。结论:本研究综合运用网络药理学、代谢组学和分子生物学技术,发现DD可能通过调控12/15-LOX代谢途径抑制NSCLC,研究结果有望为DD抑制NSCLC提供分子机制线索。
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