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紫菜是世界栽培海藻中最具经济价值的红藻之一。同时，条斑紫菜还是一种很好的遗传学和分子生物学研究对象。本文利用抑制性消减杂交法构建了条斑紫菜丝状体阶段(丝状藻丝和壳孢子囊枝)特异表达的双向cDNA消减文库，并对差异片段进行了筛选。
为了获得质量较高的条斑紫菜丝状体总RNA，对几种常用提取方法进行了研究。以条斑紫菜自由丝状体为材料，分别用异硫氰酸胍法、CTAB法、SDS/酚法、Trizol法、RNAplant法，比较其提取RNA的质量和纯度。异硫氰酸胍法提取RNA成本低，但纯度不高；CTAB法产率较小且不能完全去除多糖或蛋白质；SDS/酚法未能获得完整的RNA；Trizol法未能见到5SrRNA条带，且带有杂带；而RNAplant法提取RNA的质量好、纯度高、提取效率高，其OD<,260>/OD<,280>为1.836。经逆转录得到的双链cDNA扩增产物大小在200 bp以上。实验结果说明RNAplant法更适于条斑紫菜丝状体总RNA提取。
从条斑紫菜自由丝状体生长阶段的丝状藻丝、壳孢子囊枝细胞中分别提取总RNA，使用SMART方法合成cDNA第一链，并使用LD PCR扩增得到双链cDNA。反转录后，利用抑制性消减杂交方法同时进行正、反向消减杂交。该方法主要通过两轮消减杂交和巢式PCR扩增，富集丝状藻丝、壳孢子囊枝差异表达的cDNA片段，然后将获得的特异表达的cDNA片段克隆到pGEM-T载体并转化至大肠杆菌感受态细胞DH5α中，构建特异表达的cDNA消减文库。经蓝、白斑筛选，随机挑选白色克隆进行PCR扩增鉴定。正向和反向消减cDNA的PCR产物通过斑点杂交筛选去除假阳性。最后挑选部分阳性克隆测序，利用GenBank数据库进行同源性搜索。分析显示，壳孢子囊枝特异表达的cDNA片段中，8个与GenBank数据库中已知基因序列无明显同源性，初步判断为新的基因序列。有8个片段分别与叶绿体DNA以及光合作用相关产物编码基因有很高的同源性。丝状藻丝特异表达的cDNA片段中，21个与GenBank数据库中已知基因序列无明显同源性，初步判断为新的基因序列。有3个片段分别与Rubisco小亚基、光系统Ⅰ捕光色素a/b蛋白复合体lhcA-P4、锰超氧化物歧化酶基因有很高的同源性。