我国正处于新型特色小城镇发展和农业产业转型的新形势下,并且现代农业的发展依旧面临着严峻的形势,而特色小镇的建设能为小村镇现代农业提供一个发展的机会。在农业与特色小镇相结合的过程中,发展特色农业产业需要加强农业科技组织的服务作用,同时注重科技投入、政策引导、外部监督等多角度培育特色产业。然而结合调查研究,特色小镇和农业产业相结合的进程也存在多种不稳定因素,这也成为特色小镇发展的瓶颈,需要经过实践研究来规范两者的协调体系。文章选取两个特色小镇作为案例进行分析,结合自组织理论、科技创新扩散等理论依据,通过文献法、实地调查法和比较研究法,对作用于特色小镇的农业科技组织进行研究分析,指出在特色小镇建设中,农业科技组织作用以及存在的不足,从而为特色小镇中的农业科技组织发展提供理论支持,从多角度提出促进农业科技组织作用发挥的对策和建议,优化农业科技组织作用发挥机制。