遗传变异的大小及群体遗传结构与一个物种的进化潜力和抵御不良环境的能力密切相关。种群遗传多样性水平、形成机制及时空分布格局的研究,可揭示物种的进化历史,保护并可持续地利用该物种。采用AFLP分子标记技术对东海两个鳗鲡居群(苗种来源于闽江流域的成鳗和长江口捕获的玻璃鳗)共56个个体的遗传多样性水平及居群的遗传结构进行了研究。6对选择性扩增引物共检测到363个位点,其中闽江流域、长江口居群多态位点数分别为228、269,来自闽江流域成鳗群低于来自长江口的玻璃鳗居群(相应的多态位点频率分别为62.81%、74.10%)。与此相应的Nei’s基因多样性系数0.2781、0.3077,Shannon’s信息指数分别为0.4092、0.4493,多态信息指数0.2444、0.2791。分析结果表明:与其它鱼类相比,我国东海这两个鳗鲡居群具有较丰富的遗传变异。两居群的遗传相似度约为0.814,遗传距离为0.2103。根据个体间Nei’s遗传距离矩阵对两居群内个体进行UPGMA聚类分析构建遗传聚类图,结果明显分为两支,表明了它们之间显著的群体分化,这与传统的随机交配理论推测的结果有一定的差距。本实验是应用AFLP技术首次对中国东海日本鳗鲡居群遗传结构状况的研究,对其多态性情况进行了初步分析,并根据得到的生态和遗传的信息对此结果做出解释。对分别来自于长江口外海进行生殖洄游和镇江丹徒进行索饵洄游的两类中华绒螯蟹群体54个个体进行AFLP遗传分析。5对选择性引物共扩增270个位点,其中多态位点数分别为235(长江近海)、231(镇江丹徒)相应多态位点频率分别为(87.03%、85.56%)两群体遗传结构相差不大。通过有效等位基因数(1.5765、1.6214)、Nei’s基因多样性(0.3341、0.3523)、Shannon’s信息指数(0.4937、0.5148)(前者为长江近海,后者为镇江丹徒)表明镇江丹徒群体比长江外海遗传多样性水平稍高。两中华绒螯蟹群体遗传指数如此接近说明虽然生长环境不同且两群体有一定的地理距离,但由于其洄游特性使同一水系的群体间有基因交流的机会使得群体间的遗传分化水平不显著。说明目前自然环境下生活的长江蟹生存条件受人为捕捞、污染等人为原因所造成的影响已较小,较好的维持了蟹苗时的遗传结构状况。本研究利用AFLP技术首次对中国东海日本鳗鲡、长江水系中华绒螯蟹的种群遗传结构进行分析,对其目前的种群遗传状况进行评价,有助于人们更清楚的认识和了解现阶段以上物种的生物资源状况,为管理部门提供采取解决方案的依据。在推测和掌握物种群体内遗传变异水平、种群间的遗传分化状况研究提供参考资料。