孔子和王夫之是中国历史上两位伟大的思想家。探讨王夫之对孔子的研究在学术史上以及船山学的发展史上都有重要的现实意义。王夫之对孔子研究是分层次的：他通过考据、训诂的方法对孔子的地位以及孔子与六经关系进行了界定，然后秉着理气合一的气本论详细阐述了孔子的具体思想。在天命论上，王夫之批判了孔子的意志之天，重新诠释了天、命、鬼神范畴的含义，把孔子的天命论改造为形而上学本体论。在人性论上，孔子注重人的道德性，认为人性先天具有，且人性有善。王夫之拓展了孔子人性的范围，认为道德性和生理性都是人性不可缺少的内容；此外又提出了人性发展论，认为人性是逐步形成和发展的，且人性成善。在致知论上，孔子的认识对象主要为人类社会，采取的方法重内省、重学与思。王夫之则将对象扩展为人类社会以及自然界，抛弃了内省的认识方法，加上了格物与致知。王夫之在继承和改造孔子思想的同时，对孔子开创的儒家思维模式，比如天人合一，体用合一都有扬弃，并且把思维模式同研究孔子的具体方法结合起来。